Une nouvelle technologie permet le séquençage rapide de génomes entiers d’agents pathogènes des plantes
La technologie de séquençage de nouvelle génération a rendu plus facile que jamais le diagnostic rapide des maladies des plantes. « C’est vraiment passionnant de voir comment les technologies de séquençage ont évolué et comment cette nouvelle technologie facilite le séquençage de génomes entiers en si peu de temps », a déclaré Yazmín Rivera, phytopathologiste au sein du programme Plant Protection and Quarantine du Département de l’agriculture des États-Unis. qui a récemment publié un article de recherche sur l’efficacité des protocoles d’Oxford Nanopore Technologies.
«Nous voulions fournir une évaluation impartiale de la technologie et des protocoles disponibles pour le séquençage à lecture longue», a expliqué Rivera. Avec d’autres phytopathologistes, Rivera a utilisé les protocoles de l’entreprise pour préparer des bibliothèques d’ARN et d’ADN à partir de matériel végétal infecté par un virus et d’une bactérie phytopathogène, respectivement. Après une heure de séquençage des données, les scientifiques disposaient de suffisamment de données pour assembler de petits génomes.
« Les diagnosticiens apprécieront un examen objectif de cette technologie », a déclaré Rivera. Rivera et ses collègues ont publié leurs résultats dans Progrès de la santé des plantes, présentant une comparaison côte à côte des protocoles qui permettra au lecteur d’identifier quel kit de préparation de bibliothèque est le mieux adapté à ses besoins.
La capacité d’obtenir rapidement le génome entier d’un organisme a de grandes implications pour le domaine de la phytopathologie. «Le fait d’avoir plus d’informations facilement disponibles facilite l’identification des agents pathogènes émergents et des agents pathogènes difficiles à identifier», explique Rivera. Pour plus d’informations, lisez «Comparaison des protocoles de séquençage des nanopores et de l’analyse en temps réel pour les diagnostics phytopathogènes»? publié dans le numéro de mars de Plant Health Progress.
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