Gravité clinique des patients hospitalisés avec une infection par le SRAS-CoV-2 pendant la vague Omicron en Afrique du Sud
Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont évalué la gravité clinique de la maladie à coronavirus 2019 (COVD-19) chez les patients hospitalisés lors de la vague Omicron du syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2 (SRAS-CoV-2) en Afrique du Sud.
Contexte
L’émergence de la cinquième variante préoccupante (VOC) du SRAS-CoV-2 appelée Omicron fin novembre 2021 a entraîné la résurgence de cas de COVID-19 en Afrique du Sud et dans plusieurs autres pays du monde. Les données de séquençage génomique d’Afrique du Sud ont indiqué qu’Omicron comprenait 86 % et 99 % des échantillons séquencés de novembre et décembre 2021, respectivement.
Omicron est caractérisé par plus de 30 mutations dans sa région de protéine de pointe (S) par rapport à 15 dans les variantes précédentes du SRAS-CoV-2. Ces mutations entraînent une évasion immunitaire étendue et un niveau de transmissibilité plus élevé d’Omicron que les autres COV du SRAS-CoV-2. Cependant, il n’y a pas suffisamment d’informations concernant la gravité clinique du COVID-19 causé par la variante Omicron.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les scientifiques ont évalué la gravité clinique du COVID-19 confirmé en laboratoire chez les personnes hospitalisées au cours de la quatrième vague de SRAS-CoV-2 induite par Omicron en Afrique du Sud. L’équipe l’a ensuite comparé avec les schémas observés sur les ondes D614G, Beta et Delta.
Le début et la fin de chaque vague de SRAS-CoV-2 ont été déterminés par la survenue hebdomadaire de 30 cas de COVID-19 confirmés en laboratoire pour 100 000 personnes. Les données d’hospitalisation liées au COVID-19 ont été obtenues à l’aide d’un programme de surveillance actif spécifique au SRAS-CoV-2 en Afrique du Sud, DATCOV.
La gravité de la maladie a été comparée sur les quatre vagues de SRAS-CoV-2 à l’aide de modèles de régression logistique multivariés à effet aléatoire post-imputation. Le SRAS-CoV-2 sévère a été caractérisé par une ou plusieurs des caractéristiques suivantes : oxygène supplémentaire (O2) requis, détresse respiratoire aiguë, admission en unité de soins intensifs (USI), besoin de ventilation mécanique ou mortalité.
Résultats
Les résultats indiquent que 629 617 personnes étaient positives au SRAS-CoV-2 pendant la vague Omicron contre 1 306 260 ; 726 772 ; et 553 530 individus dans les ondes Delta, Beta et D614G, respectivement, en Afrique du Sud. La proportion de patients infectés par le SRAS-CoV-2 hospitalisés pendant la vague COVID-19 à dominante Omicron était de 8,3 % par rapport aux 12,9 %, 12,6 % et 10 % des ondes D614G, Beta, Delta, respectivement.
Environ 33,6 % des cas de COVID-19 hospitalisés ont présenté la maladie grave dans l’onde SARS-CoV-2 Omicron, contre 63 %, 63,4 et 52,3 % dans les ondes Delta, Beta et D614G, respectivement.
Les patients SARS-CoV-2 hospitalisés pendant la vague Omicron avaient un besoin inférieur en O2 supplémentation par rapport aux ondes Beta, Delta et D614G. De plus, la durée médiane du séjour à l’hôpital était de quatre jours pendant la vague SARS-CoV-2 pilotée par Omicron, contre six jours dans les vagues Delta, Beta et D614G.
La mortalité a été signalée chez 26,4 %, 28,8 % et 21,5 % des patients hospitalisés pendant les ondes Delta, Beta et D614G, contre 10,7 % dans l’onde induite par Omicron. Les adolescents de moins de 20 ans et les enfants représentaient 14,3 % du total des hospitalisations au cours de l’onde Omicron, contre 5,5 %, 3,3 % et 3 % dans les ondes Delta, D614G et Beta, respectivement.
Au cours de la vague Omicron, 25,4 % des enfants âgés de moins de cinq ans étaient infectés par le SARS-CoV-2 contre 14,7 % dans la vague Delta. Cependant, le nombre d’enfants hospitalisés atteints de COVID-19 âgés de moins de cinq ans était similaire entre les ondes Omicron et Delta et était supérieur à celui des ondes Beta et D614G. Le COVID-19 sévère chez les enfants hospitalisés de moins de cinq ans était plus faible dans l’onde Omicron par rapport aux ondes Beta, Delta et D614G.
L’analyse multivariable a indiqué que les patients ont démontré un niveau élevé de présentations cliniques sévères du SRAS-CoV-2 pendant les ondes Beta, Delta et D614G par rapport à l’onde Omicron. De plus, cette incidence était plus élevée chez les hommes, les personnes âgées, les Indiens que les Blancs et les personnes souffrant de comorbidités.
conclusion
Les résultats de l’étude montrent que la quatrième vague de COVID-19 à dominante Omicron a inversé la hausse des cas de SRAS-CoV-2 et la tendance à l’hospitalisation observée lors des trois vagues précédentes en Afrique du Sud.
Bien que pendant l’onde Omicron, les taux de transmission du SRAS-CoV-2 aient augmenté rapidement et étaient supérieurs aux ondes Delta, Beta et D614G, le nombre de cas hospitalisés, de personnes atteintes de COVID-19 sévère et les taux de mortalité étaient inférieurs à trois vagues précédentes du SRAS-CoV-2. Ceci propose que la vague d’Omicron ait changé la courbe épidémique, le profil clinique, et la mortalité SARS-CoV-2 en Afrique du Sud.
Les données des rapports d’autres pays ont également indiqué des résultats similaires à l’étude actuelle, suggérant une forme moins grave de COVID-19 avec Omicron, indépendamment de la variation des infections précédentes et du statut vaccinal en Afrique du Sud.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.