Wilfried Haerty : Comment la génomique aquacole peut nourrir le monde

Publié :
11h00 22 janvier 2022

Ici, en East Anglia, nous connaissons l’agriculture – mais qu’en est-il de l’aquaculture ? Wilfried Haerty, chef de groupe à l’Earlham Institute du Norwich Research Park, explique comment son travail de séquençage des génomes des tilapias contribue à fournir des sources de nourriture durables face à la surpêche et au changement climatique.

Chaque mois, ceux qui travaillent au cœur des pionniers du Norwich Research Park nous racontent comment leur travail façonne le monde dans lequel nous vivons. Lisez leurs histoires ici.

En quoi consiste votre rôle ?

J’applique des approches informatiques pour comprendre l’évolution génétique et la diversité des organismes d’intérêt pour la sécurité alimentaire parmi les pollinisateurs, les poissons et le blé. Je dirige un groupe de recherche qui travaille sur ces espèces, mais nous nous concentrons principalement sur le tilapia et l’aquaculture.

Qu’est-ce que l’aquaculture ?

L’aquaculture est la pratique de l’élevage de fruits de mer, y compris les poissons, les crustacés et les algues. Pendant longtemps, nous avons compté sur la capture sauvage, ce qui a conduit à l’épuisement des stocks de poissons.

Les niveaux de population humaine augmentent, en particulier en Afrique et en Asie du Sud-Est. Nous devons doubler notre capacité de production d’ici 2050 pour nourrir le monde. Cela signifie produire plus de protéines animales. La façon d’y parvenir est de l’élever – en fait, en cultivant des fruits de mer.

L’aquaculture est plus durable pour certaines espèces en eau douce et en eau de mer. Par exemple, le saumon, les huîtres, les pétoncles et les moules peuvent être élevés en eau de mer. L’aquaculture d’eau douce se concentre sur la carpe, le poisson-chat, la crevette et le tilapia.

Pourquoi faites-vous des recherches sur le poisson tilapia ?

Les tilapias sont des cichlidés, un poisson tropical d’eau douce qui se nourrit de plancton. Il existe environ 50 espèces de tilapia, la plupart originaires d’Afrique de l’Est. Les tilapias sont faciles à cultiver mais peuvent facilement s’hybrider, ce qui conduit à des individus présentant des caractéristiques ou un taux de croissance indésirables, ce qui affecte leur valeur marchande et donc le bien-être des agriculteurs des pays en développement qui les cultivent.

Ils sont également sensibles aux espèces envahissantes, nous développons donc des outils pour caractériser les différentes espèces, identifier les hybrides et trouver des régions qui encourageraient les populations naturelles à prospérer, et aider à éclairer les politiques.

Nous collaborons avec WorldFish, une organisation de recherche à but non lucratif, pour utiliser l’aquaculture durable afin de réduire la faim et la pauvreté en Afrique, en Asie et dans la région du Pacifique. Nous travaillons également avec des partenaires en Tanzanie, au Kenya, en Ouganda, en Israël, en Écosse, en Suède, aux États-Unis et aux Pays-Bas.

Comment appliquez-vous la génomique à l’aquaculture?

L’un des enjeux majeurs de l’aquaculture est la sélection des traits génétiques qui produiront des individus commercialisables plus rapidement. Ainsi, un objectif majeur de la sélection génétique concerne la vitesse de croissance. Le tilapia d’élevage génétiquement amélioré (GIFT) est une souche de l’espèce de tilapia initiée par WorldFish en 1988 pour une croissance rapide, que nous recherchons toujours.

Notre autre objectif est la résilience. Le climat change. La disponibilité de l’eau devient un enjeu majeur. Les températures de l’eau et les niveaux d’oxygène changent. De nouvelles maladies affectent le tilapia. Nous essayons de comprendre la base génétique des traits qui rendent le tilapia résistant à ces changements pour déterminer comment nous pouvons reproduire ces traits et renforcer la résilience à des choses comme la salinité et les agents pathogènes, ainsi qu’à des niveaux d’oxygène plus bas et à des températures plus élevées.

Nous jetons les bases du processus de sélection en générant les ressources nécessaires pour identifier les bases génétiques des traits d’intérêt, en donnant aux sélectionneurs une compréhension des gènes impliqués dans un trait spécifique et des outils pour faciliter la sélection.

Pourquoi avez-vous décidé de faire carrière dans les sciences ?

Enfant, je m’intéressais à la nature. Mes grands-parents étaient agriculteurs près de Bourgueil sur la Loire en France, j’ai donc passé beaucoup de temps dehors à me familiariser avec la nature, l’écologie et la biologie. La science m’a toujours passionné.

Au collège, j’ai eu la chance d’avoir des professeurs passionnés par la biologie, que j’ai étudiée pour mon baccalauréat à l’université d’Angers. J’ai effectué mon Master en physiologie des insectes puis un doctorat en génétique des populations à Paris.

Par la suite, je me suis concentré sur la bioinformatique à l’Université de McMaster en Ontario suivi d’un postdoc à Oxford, ce qui m’a donné les outils pour déménager à Norwich en décembre 2015.

Quelle est la meilleure chose à propos de travailler au Norwich Research Park ?

Les gens sont toujours ouverts à la collaboration. Norwich Research Park est un monde intégré où il est facile de franchir les frontières entre les groupes. Nous venons d’avoir une publication acceptée qui n’aurait jamais été possible sans que différents groupes travaillent ensemble à travers le parc.

Je n’avais jamais travaillé sur les plantes avant de déménager à Norwich, mais mon expertise en génomique m’a permis de contribuer aux travaux en phytologie à l’Earlham Institute mais aussi à travers le parc avec des chercheurs du John Innes Centre.

J’ai entendu parler du Norwich Research Park pour la première fois lorsque je travaillais en Ontario. Les gens parlaient du Centre John Innes, qui est reconnu internationalement pour ses travaux en phytologie et en génétique. C’est un environnement incroyablement dynamique qui est propice à une bonne recherche. C’est très excitant d’être ici.

Que fais-tu quand tu ne travailles pas ?

Excusez ma francité, mais j’aime cuisiner. Avant de quitter la France, je n’avais pas été exposé à la cuisine chinoise, indienne, thaïlandaise ou japonaise. Partir à l’étranger m’a ouvert toutes ces cuisines différentes que j’adore.

Des amis m’ont aidé à découvrir davantage Norwich et Norfolk, notamment les magnifiques jardins, la côte et, bien sûr, les pubs !

Le Dr Wilfried Haerty est chef de groupe à l’Earlham Institute du Norwich Research Park. Vous pouvez le suivre sur Twitter @WHaerty