Validation des anticorps et technologie de cartographie peptidique rapide

Pour commencer, pouvez-vous donner à nos lecteurs une brève introduction à la validation des anticorps : qu’est-ce que c’est, pourquoi est-il utilisé et en quoi cela implique-t-il ?

La capacité intrinsèque des anticorps à se lier aux antigènes est largement exploitée dans les sciences de la vie, en particulier comme outils de détection de protéines cibles dans la recherche. Pour garantir l’exactitude de la détection, les anticorps doivent être validés pour démontrer qu’ils sont spécifiques, sélectifs et reproductibles dans le même contexte que leur utilisation prévue.

La validation traditionnelle consiste à tester les interactions entre les anticorps et leurs partenaires de liaison à travers des expériences contrôlées. Une telle validation basée sur la fonction garantit que les anticorps achetés ou produits ont les propriétés souhaitées. Cependant, il ne garantit pas que l’anticorps testé est exactement le même que celui reçu dans un lot précédent ou qu’il a la même séquence que celui destiné à être produit.

Quelle est la différence entre les tests de validation des anticorps pour la spécificité et les tests de validation des anticorps pour la reproductibilité ?

Un test de spécificité garantit que l’anticorps se lie uniquement à la cible qu’il est censé se lier. Un test de reproductibilité consiste principalement à tester le même anticorps au fil du temps avec différents lots pour s’assurer que chaque anticorps donne toujours le même résultat.

Pourquoi la vérification des séquences protéiques est-elle cruciale pour la validation des anticorps ?

Premièrement, la variabilité d’un lot à l’autre est un énorme problème sur le marché des anticorps de recherche. Il y a eu des cas où des gens ont fait confiance à un kit, et ils ont vu une réaction positive seulement pour, malheureusement, se rendre compte que le kit détectait en fait une autre protéine parce que le lot d’anticorps du kit avait changé.

Un certificat prouvant que la séquence protéique d’un anticorps reste inchangée aurait facilement évité cette mésaventure. Deuxièmement, de plus en plus d’anticorps sont aujourd’hui produits de manière recombinante à partir d’une séquence d’acides aminés connue. Il faut s’assurer que le produit final, qui est la protéine produite par le système d’expression, a bien la même séquence exacte.

Ces dernières années, comment a évolué la cartographie peptidique ?

La cartographie peptidique implique la digestion enzymatique de la protéine et la séparation et la détection ou l’identification de chaque peptide résultant. La séparation est généralement effectuée par chromatographie liquide (LC). La détection ou l’identification peut se faire soit avec un détecteur UV, soit par spectrométrie de masse (MS) ou spectrométrie de masse en tandem (MS/MS). Des efforts plus récents ont également commencé à utiliser plusieurs enzymes pour digérer la protéine afin d’augmenter la couverture de séquence.

Pouvez-vous nous parler de votre technologie de cartographie peptidique rapide, MATCHmAb^MT?

Notre MATCHmAb^MT service est conçu pour la vérification de la séquence des anticorps. Pour utiliser le service, un client envoie son échantillon d’anticorps et la séquence d’acides aminés de l’anticorps. Nous digérons l’anticorps avec une ou deux enzymes dans notre laboratoire et analysons les peptides résultants par LC-MS/MS et notre logiciel exclusif d’identification de peptides.

Si la séquence de l’anticorps est correcte, l’analyse peut généralement conduire à une couverture de séquence de 100 % ou près de 100 %. Cela signifie que chaque acide aminé de la séquence est couvert par au moins un peptide identifié à partir des données de spectrométrie de masse. Et vice versa, une couverture de séquence significativement inférieure indique généralement une erreur de séquence.

Quelle a été la principale inspiration derrière MATCHmAb^MT?

La crise de reproductibilité causée par la variation de lot à lot est un énorme problème dans l’industrie des anticorps. Les scientifiques comptent souvent sur nos services pour surmonter les mauvaises expériences liées à la reproductibilité (par exemple, une perte importante d’argent et de temps). Beaucoup de nos propres scientifiques ont également une formation en biologie moléculaire et en biochimie où ils se sont appuyés sur des anticorps, et eux aussi sont bien conscients de l’incohérence des lots d’anticorps.

Comme sa séquence d’acides aminés détermine de manière unique un anticorps, nous pensons que le moyen le plus sûr de résoudre ce problème est de s’assurer que l’anticorps de chaque lot a exactement la même séquence. Beaucoup de nos clients assurent déjà régulièrement la cohérence des séquences en de novo séquençage de l’anticorps avec notre REmAb^® service et en comparant la séquence de chaque lot. Cependant, nous aimerions offrir une solution moins chère et plus rapide lorsque le client connaît déjà la séquence (soit parce que l’anticorps est produit de manière recombinante à partir d’une séquence connue ou que l’anticorps d’un autre lot a déjà été de novo séquencé). C’est pourquoi nous avons lancé MATCHmAb™.

Pendant le développement de MATCHmAb^MT, quels ont été les obstacles les plus importants auxquels vous avez été confronté et comment ont-ils été surmontés ?

Heureusement, nous avions déjà jeté les bases nécessaires pour développer MATCHmAb™ comme notre REmAb^® la plate-forme a de novo séquencé des milliers d’anticorps. Notre principal effort de développement sur MATCHmAb™ était d’optimiser les coûts et les délais d’exécution. Cela impliquait de nombreux choix, de la détermination de la meilleure combinaison d’enzymes au réglage fin de notre flux de travail interne de traitement des échantillons. L’automatisation a également joué un rôle clé dans la réduction des coûts et des délais d’exécution. Nous nous sommes efforcés de faire de MATCHmAb™ une solution abordable et rapide permettant à chaque chercheur de valider chaque lot d’anticorps.

Comment MATCHmAb^MT diffèrent des autres technologies de cartographie peptidique ?

En termes de cartographie peptidique basée sur MS, la plupart des laboratoires effectuent des expériences similaires. La principale différence de MATCHmAb™ est qu’il utilise le même logiciel de laboratoire et d’analyse que notre REmAb^® de novo service de séquençage. Les performances du laboratoire et du logiciel ont été testées et optimisées en permanence grâce à de novo séquençage de plusieurs milliers d’anticorps dans le passé. Cela garantit que davantage de peptides peuvent être cartographiés correctement et que les clients obtiennent la meilleure couverture de leurs anticorps.

De plus, si MATCHmAb™ découvre que l’anticorps peut être différent de la séquence donnée, un client peut éventuellement passer au REmAb^® service pour obtenir la séquence complète de l’anticorps. De cette façon, le client n’est pas limité en sachant que le nouvel anticorps est différent, mais peut également sécuriser la séquence exacte du nouvel anticorps.

Quels sont les bénéfices/avantages de la cartographie peptidique rapide ?

Avec MATCHmAb™, les clients ont pu réduire le risque d’échec, en plus d’économiser à la fois des coûts et du temps sur d’éventuels problèmes en aval. Ce qui est le plus intéressant dans notre service de cartographie peptidique rapide, c’est son excellent contrôle de reproductibilité pendant que le client effectue des expériences de spécificité.

De plus, contrairement à d’autres services de cartographie peptidique, il s’agit d’un service facile à utiliser pour vérifier de nombreux anticorps auxquels on se fie régulièrement pour un prix abordable. Il garantit que les processus internes et les pipelines restent robustes. C’est la tranquillité d’esprit en sachant que l’anticorps utilisé est la même molécule destinée à être utilisée.

Quels sont certains de MATCHmAb^MT applications – qui peut l’utiliser ?

MATCHmAb™ peut être utilisé par tout scientifique qui utilise régulièrement des immunoréactifs ou qui développe des thérapies pour son travail. Peut-être encore plus pertinent, MATCHmAb^MT est un excellent outil complémentaire que les producteurs d’anticorps peuvent ajouter à leur boîte à outils de validation : contrôles de routine sur les hybridomes établis ou lignées cellulaires recombinantes, points de contrôle lors du développement de lignées cellulaires productrices d’anticorps, ou pour la protection IP.

MATCHmAb^MT pourrait très bien être le premier enregistrement à résoudre les problèmes de liaison, permettant aux fabricants de gagner du temps et de l’argent et d’assurer la reproductibilité des tests à travers les expériences pour leurs clients. De cette façon, MATCHmAb^MT va au-delà de la vérification d’une séquence : elle sécurise la confiance. Mais comme mentionné, c’est vraiment une arme inestimable que les scientifiques peuvent ajouter à leur arsenal pour la validation. Par exemple, les chercheurs travaillant sur l’ingénierie des anticorps pourraient rapidement vérifier que leur protéine exprimée correspond à la séquence modifiée tout en obtenant des informations inestimables sur les PTM et des informations qui pourraient justifier un réglage plus précis. Ce dernier serait particulièrement utile pour le développement de biosimilaires.

Où les lecteurs peuvent-ils trouver plus d’informations ?

Les lecteurs peuvent trouver plus d’informations via nos ressources sur la validation des anticorps, pourquoi la séquence protéique est importante pour la validation des anticorps, et via notre MATCHmAb^MT page du service de cartographie et d’analyse de peptides.

À propos de Rapid Novor

Rapid Novor est le leader mondial du séquençage des protéines de nouvelle génération (NGPS). Grâce à des percées en protéomique et en bioinformatique, l’équipe Rapid Novor aide régulièrement les sociétés biotechnologiques et pharmaceutiques à exploiter tout le potentiel de la réponse humorale pour les immunoréactifs, les diagnostics et/ou le développement thérapeutique.

Grâce aux services de découverte d’anticorps basés sur le NGPS de Rapid Novor, les chercheurs ont mené à bien des milliers de projets, breveté des thérapies par anticorps et mis en œuvre les premiers diagnostics d’anticorps polyclonaux recombinants.

Notre technologie a permis à des milliers de chercheurs de débloquer un large éventail de découvertes pour façonner la recherche future et bénéficier à la santé mondiale. Chez Rapid Novor, nous pensons que le voyage vers un monde de traitements plus efficaces, moins coûteux et plus faciles à développer commence par le décodage de l’immunité.

À propos du Dr Bin Ma

Le Dr Bin Ma a mené des recherches en bioinformatique et la commercialisation de technologies pendant plus de 20 ans. Grâce à ses percées dans la technologie de séquençage des protéines basée sur la SEP, le Dr Ma cherche à fournir de nouvelles solutions pour aider l’humanité à lutter contre les maladies.