La technologie étend la compréhension du virus Grapevine Pinot Gris

En se concentrant sur un vignoble spécifique de la région de Châteauneuf-du-Pape dans le sud de la France, les phytopathologistes ont passé 8 ans à surveiller plus de 60 plantes pour détecter les signes du virus Grapevine Pinot gris (GPGV). Contrairement aux observations précédentes en Italie, ils ont observé une propagation explosive du virus, avec plus de 75 pour cent des plantes testées infectées entre 2014 et 2015. Étonnamment, seul un nombre marginal de vignes a été testé positif au cours des cinq années restantes de l’étude.

Le GPGV a été repéré pour la première fois dans le nord-est de l’Italie en 2011 grâce au séquençage à haut débit (HTS), une technologie plus récente qui a amélioré notre capacité à mieux comprendre les réponses des plantes et l’expression du génome. Les phytopathologistes peuvent également utiliser HTS pour identifier le virome, qui représente l’assemblage de génomes viraux dans un échantillon.

En examinant le GPGV, le phytopathologiste Jean-Michel Hily et ses collègues ont récupéré des informations génomiques à partir de 18 échantillons et ont réassemblé 25 génomes complets.

« Couplé à des analyses phylogénétiques, nous avons proposé un modèle de reconstruction phylodynamique des événements d’introduction et de propagation du GPGV dans la région de Châteauneuf-du-Pape », a expliqué Hily. « La plus forte probabilité d’introduction du GPGV dans le vignoble du CDP a été estimée entre 1999 et 2003, avec 3 à 6 introductions indépendantes possibles. Il est également important de souligner à quel point les outils bio-informatiques sont devenus puissants : notre modèle a prédit avec précision une vague de transmission au sein du vignoble entre 2014 et 2015, comme cela a déjà été confirmé par RT-PCR.  »

Leurs résultats contrastent avec les situations GPGV dans deux vignobles italiens, qui décrivaient une propagation rapide mais régulière et progressive du virus au fil du temps. La nature explosive du virus dans le vignoble français ajoute à notre compréhension du GPGV et soulève des questions sur les vecteurs, les conditions climatiques spécifiques ou d’autres paramètres inconnus.

Hily et ses collègues ont déjà écrit sur GPGV. Leurs premiers travaux ont fourni une étude de l’histoire de l’évolution mondiale du virus et sont un excellent complément à leurs derniers travaux, qui offrent plus de détails sur l’épidémiologie à l’échelle locale.

« Nos résultats mettent également en évidence le découplage entre l’introduction du virus, très probablement à partir de matériel infecté, et sa transmission de plante à plante par des vecteurs. » Apprenez-en plus sur leurs découvertes en lisant « Preuves biologiques et modélisation moléculaire d’une épidémie de virus de la vigne Pinot gris dans un vignoble » dans Phytobiomes Journal.

Référence

Hily JM, Komar V, Poulicard N, et al. Preuves biologiques et modélisation moléculaire d’une épidémie de virus Pinot gris de la vigne dans un vignoble. Journal des Phytobiomes. 2021;5(4):464-472. doi: 10.1094/PBIOMES-11-20-0079-R

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