La gravité des lignées Omicron BA.4/BA.5 dans la population d’Afrique du Sud

Dans une récente étude publiée sur Place de la recherche* serveur de préimpression, les chercheurs ont évalué la gravité clinique des variantes d’Omicron du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2).

Arrière plan

Le réseau de surveillance génomique en Afrique du Sud (NGS-SA) a détecté la nouvelle lignée SARS-CoV-2 Omicron BA.4 en janvier 2022 et BA.5 en février 2022. Ces lignées étaient responsables de l’avènement de la cinquième vague de SRAS -Infections au CoV-2. Diverses études ont estimé que les lignées BA.4 et BA.5 se multiplient plus rapidement que BA.2. De plus, par rapport aux lignées BA.1 et BA.2, ces BA.4 et BA.5 se sont avérés réduire la neutralisation sérologique chez les personnes vaccinées avec trois doses de vaccins contre la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19).

À propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont évalué la gravité de la maladie des infections causées par les lignées SARS-CoV-2 Omicron BA.4 et BA.5.

L’équipe a mené une étude de couplage de données dans laquelle elle a obtenu des informations nationales au niveau individuel à partir des données nationales sur les cas de COVID-19, des données des tests de laboratoire sur le SRAS-CoV-2 et d’un système de surveillance active appelé DATCOV qui surveillait les données liées aux admissions à l’hôpital dues à COVID -19 en Afrique du Sud. L’ensemble de données était limité aux tests effectués à l’aide du test TaqPath™ COVID‑19.

L’équipe a utilisé une combinaison de l’absence du gène SARS-CoV-2 spike (S), entraînant une défaillance de la cible du gène S (SGTF) ou la présence du gène S entraînant une cible positive du gène S (SGTP) selon à une période déterminée en fonction des variantes circulantes ou des lignées trouvées par surveillance génomique. Les infections SGTP COVID-19 observées entre octobre et novembre 2021 ont été classées comme infections Delta, et celles entre février et avril 2022 ont été classées comme infections BA.2, tandis que les infections SGTF COVID-19 diagnostiquées entre novembre et janvier 2022 ont été classées comme BA. 1, et celles découvertes en avril 2022 ont été classées comme infections BA.4 ou BA.5.

L’équipe a évalué les facteurs de risque d’hospitalisation liée au COVID-19 et de maladie grave chez les patients hospitalisés en raison du COVID-19 en comparant les infections BA.4, BA.5 et Delta aux infections BA.1. L’analyse a été réalisée en contrôlant les facteurs liés à l’hospitalisation et à la gravité.

Résultats

Les résultats de l’étude ont montré qu’un total de 884 379 cas de COVID-19 ont été détectés entre le 1er octobre 2021 et le 26 avril 2022. Parmi ceux-ci, 16,3 % ont été diagnostiqués via le test TaqPath COVID-19. En outre, l’équipe a observé qu’en fonction de la présence ou de l’absence du gène S, la variante SARS-CoV-2 Delta a causé 1,3 % des infections, BA.1 a causé 76,6 %, BA.2 a causé 20,3 % et BA. 4 ou BA.5 ont causé 1,8 % des infections.

Parmi les adultes âgés de 25 ans et plus, 76,2 % du nombre total de cas étaient des infections Delta, 81,6 % étaient BA.1, 66,5 % étaient BA.2 et 78,7 % étaient BA.4 ou BA.5. Parmi les enfants âgés de cinq à 18 ans, 24,7 % du nombre total de cas étaient des infections BA.1, 14,5 % étaient Delta, 9,1 % étaient BA.1 et 13,2 % étaient BA.4 ou BA.5.

Parmi les patients COVID-19 qui ont dû être hospitalisés, 13,5 % ont reçu un diagnostic d’infection Delta, 4,0 % de BA.1, 3,3 % de BA.2 et 4,8 % d’infections BA.4 ou BA.5. De plus, le nombre de réinfections détectées était de 9,7 % pour BA.1, 9,3 % pour BA.2 et 11,7 % pour les patients BA.4 ou BA.5, contre 2,9 % pour les patients Delta.

Parmi les patients infectés par le SRAS-CoV-2 dont la variante ou la lignée infectante était connue, 3,9 % ont été hospitalisés. De plus, parmi les patients dont l’issue de la maladie était connue, 33,4 % ont développé une infection grave au COVID-19, dont 57,7 % Delta, 33,7 % BA.1, 26,2 % BA.2 et 27,5 % BA.4 ou BA.5.

L’analyse multivariée a montré que, par rapport à l’infection BA.1, les risques de développer une maladie grave étaient plus élevés dans Delta, plus faibles dans BA.2 et comparables dans l’infection BA.4 ou BA.5. De plus, par rapport aux patients âgés de 19 à 24 ans, les personnes âgées de 40 à 59 ans et de 60 ans et plus avaient un risque plus élevé de développer une maladie grave. Notamment, la probabilité de développer une maladie grave était plus faible chez les femmes et chez les personnes qui avaient reçu une ou plusieurs doses de vaccin COVID-19.

Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont montré que les patients infectés par les lignées SARS-CoV-2 Omicron BA.4 ou BA.5 avaient un risque comparable de développer une maladie grave et d’hospitalisation aux patients infectés par BA.1. Les chercheurs pensent que la présente étude pourrait être utile dans la planification des ressources de soins de santé et l’élaboration de politiques de vaccination.

*Avis important

Research Square publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.