Identification d’une nouvelle sous-lignée de variante alpha du SARS-CoV-2 en Europe

Des scientifiques allemands ont récemment identifié une nouvelle sous-lignée de la variante alpha du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) dans certains pays européens. Cette sous-lignée abrite des mutations supplémentaires dans la nucléoprotéine, la protéine de pointe et le cadre de lecture ouvert 8 (ORF8). La variante avec des mutations de pointe est 3 fois moins sensible à la neutralisation par les anticorps induits par le vaccin contre la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19). L’étude est actuellement disponible sur le medRxiv* serveur de préimpression.

Étude : Emergence et propagation d’une sous-lignée de la variante B.1.1.7 Alpha du SRAS-CoV-2 en Europe, et avec une évolution ultérieure des accumulations de mutations de pointe partagées avec les variantes Beta et Gamma. Crédit d’image: iunewind/Shutterstock

Fond

La variante alpha (B.1.1.7) du SRAS-CoV-2 a été détectée pour la première fois au Royaume-Uni en septembre 2020. Avec une transmissibilité nettement plus élevée que les souches circulant auparavant, la variante alpha a provoqué une forte augmentation des nouveaux cas de COVID-19 dans le Royaume-Uni entre février et mai 2021. La variante alpha originale est caractérisée par 17 mutations sur la protéine de pointe, le laboratoire ORF, l’ORF8 et la nucléoprotéine.

En Allemagne, une surveillance génomique continue a été lancée en janvier 2021 pour identifier les nouvelles variantes virales émergentes et caractériser la dynamique de la propagation virale aux niveaux local, national et mondial.

Dans la présente étude, les scientifiques ont identifié une nouvelle sous-lignée de la variante alpha grâce à des analyses épidémiologiques génomiques qu’ils ont menées chaque semaine à l’aide d’isolats viraux collectés dans une région frontalière entre l’Allemagne, la Pologne et la République tchèque.

Ils ont déterminé l’évolution, la dynamique de transmission et la capacité d’échappement immunitaire de cette sous-lignée en effectuant une analyse phylogénétique, une analyse épidémiologique, un test de neutralisation virale et une cinétique de croissance virale.

Identification de la sous-lignée alpha

Les scientifiques ont séquencé 948 077 génomes variants alpha et identifié une sous-lignée spécifique qui porte deux mutations supplémentaires. Ces mutations sont G204P sur la nucléoprotéine et K68stop sur ORF8. Cette sous-lignée a montré un modèle de distribution inégal. Il représentait 60 à 95 % de tous les cas liés à l’alpha en République tchèque, en Hongrie, en Slovaquie et en Autriche. En revanche, environ 10 à 35 % des cas en Allemagne, au Danemark, en Suisse, en Pologne et en France, et moins de 10 % des cas en Belgique et aux Pays-Bas étaient associés à cette sous-lignée. Au Royaume-Uni, il n’était associé qu’à 0,4 % de tous les cas alpha.

Dynamique de transmission de la sous-lignée alpha

La sous-lignée a été identifiée pour la première fois en novembre 2020 en Suisse, en Autriche, en France, en Slovaquie et au Danemark. Cependant, il a commencé à circuler dans 23 pays européens fin janvier 2021. En République tchèque, la sous-lignée a été identifiée pour la première fois en janvier 2021 et est rapidement devenue dominante. Entre janvier et avril 2021, le ratio de la sous-lignée alpha à toutes les variantes alpha en République tchèque était de 91 à 100 %.

Mutations de signature

Les mutations de signature les plus courantes trouvées dans la sous-lignée alpha étaient les mêmes que les mutations de signature trouvées dans la variante alpha originale. Seules deux mutations supplémentaires G204P et K68stop ont été détectées sur la nucléoprotéine et l’ORF8, respectivement.

De plus, une analyse de séquençage approfondie a identifié une autre variante de la sous-lignée alpha portant deux mutations de pointe supplémentaires (D138Y et A701V). La mutation de pointe D138Y trouvée dans cette nouvelle variante est l’une des mutations de signature de la variante gamma du SRAS-CoV-2. De même, la mutation de pointe A701V est une mutation de signature de la variante bêta. Cette nouvelle variante de la sous-lignée alpha a été principalement détectée en Allemagne et représentait 50 % de tous les cas de percée vaccinale liés à l’alpha.

Caractérisation fonctionnelle de la sous-lignée alpha

Les scientifiques ont testé la sensibilité de la variante alpha originale, de la sous-lignée alpha et de la sous-lignée contenant la mutation de pointe à la neutralisation par les anticorps induits par le vaccin BNT162b2 COVID-19. Les résultats ont révélé que la sous-lignée alpha avec deux mutations de pointe est 3,2 fois moins sensible à la neutralisation médiée par les anticorps que la variante alpha originale et la sous-lignée alpha.

En ce qui concerne le taux de réplication dans les cellules épithéliales pulmonaires, la variante contenant la mutation de pointe a montré une aptitude réduite par rapport aux deux autres variantes testées.

Importance de l’étude

L’étude identifie une nouvelle sous-lignée du variant alpha du SRAS-CoV-2 qui contient deux mutations supplémentaires dans la nucléoprotéine et l’ORF8. Cette variante a provoqué une augmentation des nouveaux cas de COVID-19 dans certains pays européens, notamment en République tchèque.

De plus, l’étude identifie une autre variante de cette sous-lignée alpha qui contient deux mutations de pointe supplémentaires. Cette nouvelle variante est relativement moins sensible à la neutralisation médiée par les anticorps. Cependant, en raison de la capacité de réplication réduite, cette variante devrait avoir une transmissibilité plus faible.

*Avis important

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.