Un test respiratoire basé sur l’ARN détecte COVID-19
Dans une nouvelle étude en Le Journal des Diagnostics Moléculaires, publié par Elsevier, les enquêteurs rendent compte de la conception et des tests d’un alcootest, connu sous le nom de Bubbler, qui repose sur la détection de l’ARN viral pour diagnostiquer le SRAS-CoV-2. Son nom est dérivé du son bouillonnant qui se produit lorsque le patient expire dans l’appareil.
Le Bubbler transcrit non seulement l’ARN des particules virales en suspension dans l’air en ADN à tester par PCR, mais peut également coder à barres cet ADN, permettant aux échantillons d’être directement liés au patient dont ils proviennent et d’être utilisés pour le séquençage. Il peut être utilisé pour des lots simultanés d’échantillons regroupés et fournit des informations supplémentaires telles que la charge virale et l’identité de la souche et élimine le besoin de stabiliser un échantillon, ce qui permet potentiellement d’effectuer le test à domicile.
« L’implication des voies respiratoires inférieures est souvent un précurseur d’un COVID-19 sévère, il existe donc un argument en faveur d’un échantillonnage plus direct axé sur l’haleine expirée », a expliqué l’enquêteur principal William G. Fairbrother, PhD, professeur au département de biologie moléculaire. , biologie cellulaire et biochimie à l’Université Brown à Providence, RI, États-Unis.
La détection du virus par le Bubbler est similaire à un test PCR sur écouvillon hospitalier ; cependant, c’est une meilleure mesure du risque de contagion car il détecte les particules virales en suspension dans l’air. Les tests sur écouvillon peuvent donner un résultat positif pendant des mois après l’infection, car ils détectent des fragments d’ARN viral dans les cellules qui persistent dans les cellules précédemment infectées. Le Bubbler peut également être adapté pour l’échantillonnage environnemental dans les hôpitaux, les centres de transport et les environnements fermés comme les bureaux, les navires et les avions, rapportent les enquêteurs.
Soixante-dix patients traités aux urgences du Rhode Island Hospital entre mai 2020 et janvier 2021 ont été dépistés. L’étude a testé des échantillons de trois points des voies respiratoires. Les écorchures de la langue provenant de la bouche (salive / écorchures de la langue) et de 15 secondes d’air expiré recueillies dans le Bubbler ont été comparées à celles d’un test PCR sur écouvillon nasopharyngé conventionnel. Le Bubbler est un tube en verre avec une pipette en verre à travers laquelle les patients peuvent expirer. Le tube est rempli d’un mélange réactionnel de transcription inverse et d’huile minérale froide.
L’étude a déterminé que le SRAS-CoV-2 peut être facilement détecté dans la respiration et est plus prédictif de l’atteinte des voies respiratoires inférieures. L’ARN viral est plus enrichi dans l’haleine par rapport aux échantillons oraux, tandis que les échantillons oraux comprennent des cellules impliquées dans la réplication du SRAS-CoV-2 que les échantillons d’haleine ne contiennent pas. Cela suggère que le signal viral détecté dans le Bubbler provient de particules virales actives.
« Le Bubbler est plus susceptible d’être un meilleur indicateur de l’infection actuelle que les écouvillons nasopharyngés », a déclaré le Dr Fairbrother. « Un autre avantage est le code-barres, qui permet des tests de virus à ARN à haut débit à une fraction du coût des tests conventionnels. Le code-barres renvoie une séquence virale qui prend également en charge l’identification de la souche, ce qui peut s’avérer utile à mesure que davantage d’informations sont acquises sur la transmissibilité et les éventuelles décisions de traitement spécifiques à la souche.
Les enquêteurs ont également démontré comment le Bubbler pourrait être adapté pour détecter le virus dans des échantillons en suspension dans l’air. Pour modéliser le mouvement des gouttelettes exhalées dans l’haleine humaine, trois échantillons d’acide nucléique uniques ont été ajoutés à trois humidificateurs personnels à différents endroits et à des distances variées du Bubbler dans une pièce à fort débit d’air et une pièce à faible débit d’air. Bien qu’une exploration détaillée de cette application dépassait le cadre de l’étude, les résultats démontrent le potentiel d’utiliser des acides nucléiques en aérosol pour cartographier quantitativement le flux d’air dans les espaces intérieurs et pour détecter le SARS-CoV-2 dans l’air.
« Une telle technologie pourrait être utile pour rétablir le service dans des industries telles que les hôtels, les bateaux de croisière et les casinos », a observé le Dr Fairbrother. « Il y a également un avantage épidémiologique aux tests de routine de l’air sur les sites d’alerte précoce tels que les centres de transport et les services d’urgence des hôpitaux. »
Les tests pour COVID-19 utilisent généralement des échantillons prélevés dans les voies respiratoires supérieures par écouvillonnage salivaire ou nasopharyngé. Les échantillons positifs contiennent un virus actif, mais la charge virale dans les voies respiratoires supérieures n’est pas corrélée avec les symptômes des voies respiratoires inférieures, comme la pneumonie.
Référence: Duan C, Buerer L, Wang J, et al. Détection efficace du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) à partir de l’air expiré. J Mol Diagn. 2021;23(12):1661-1670. doi: 10.1016/j.jmoldx.2021.09.005
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