Les tests PCR ne sont pas sujets aux faux positifs, malgré ce que les gens disent sur Facebook, disent les experts

Les experts en maladies infectieuses repoussent à nouveau les biologistes moléculaires «de salon» qui continuent de faire de fausses déclarations sur les tests PCR – la principale méthode de diagnostic du COVID-19.

Ces affirmations ont circulé sur les réseaux sociaux depuis le début de la pandémie et ont été démenties à plusieurs reprises, mais elles persistent néanmoins dans divers forums.

L’une des fausses allégations les plus courantes est que les tests PCR sont sujets à un grand nombre de faux positifs, et cela est souvent enraciné dans une incompréhension du fonctionnement des tests, déclare Jonathan Jarry, biologiste au Bureau de la science et de la société de l’Université McGill. Montréal.

La biologie moléculaire est compliquée, et Jarry a déclaré qu’il était facile pour les gens de capter une information qui, en soi, est vraie, mais de sauter ensuite à des conclusions beaucoup plus larges qui ne sont pas exactes.

«Nous sommes tous sensibles à cela», a-t-il déclaré.

« Je n’accuse pas les autres d’être idiots, stupides ou ignorants. Ce sont des préjugés auxquels nous devons tous faire face … Cela fait juste partie d’être humain. »

Les experts disent que les tests PCR sont systématiquement décrits comme «l’étalon-or» pour une raison. L’Institut national de recherche sur le génome humain aux États-Unis décrit cette technologie comme «l’une des avancées scientifiques les plus importantes en biologie moléculaire».

Les principaux avantages, en particulier lors d’une pandémie, sont que les tests sont très précis, sensibles et rapides.

PCR vs cultures de laboratoire «  à l’ancienne  »

La PCR, qui signifie «réaction en chaîne par polymérase», est une méthode de copie répétée d’un segment de matériel génétique.

Il est utilisé pour amplifier rapidement de petites quantités de fragments d’ADN afin qu’ils puissent être étudiés plus en détail.

Les laboratoires modernes utilisent cette méthode pour tester toutes sortes d’agents pathogènes différents, y compris les virus, les bactéries, les champignons et les parasites.

Dans le passé, les scientifiques devaient s’appuyer davantage sur des méthodes «basées sur la culture», qui impliquaient la croissance d’agents pathogènes vivants dans un environnement contrôlé, a déclaré Graham Tipples, directeur médico-scientifique du laboratoire de santé publique de l’Alberta Precision Laboratories.

Tipples a déclaré que l’approche «à l’ancienne» est «très intensive en main-d’œuvre» – et lente.

« Il faut un jour à deux jours pour faire cela », a-t-il dit. « Et cela peut être non spécifique, ce qui signifie que vous n’êtes pas absolument sûr que ce soit cela [particular] virus que vous avez détecté, car certains d’entre eux peuvent se ressembler. »

Les tests PCR, en revanche, recherchent un marqueur génétique propre à un pathogène particulier, donnant aux scientifiques plus de certitude quant aux résultats.

« Le test PCR que nous utilisons a été confirmé comme étant hautement spécifique pour le SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19 », a déclaré le Dr Deena Hinshaw, médecin hygiéniste en chef de l’Alberta, qui a récemment consacré une conférence de presse à combattre les «mythes» entourant les tests.

« Il ne réagit pas aux autres virus, même aux autres coronavirus », a-t-elle déclaré.

L’autre avantage des tests PCR est la rapidité avec laquelle ils peuvent être effectués.

«Vous pouvez configurer ce type de tests pour un débit très élevé sur un système robotique», a déclaré Tipples, dont le laboratoire a effectué des millions de tests au cours de l’année écoulée.

Les tests PCR sont également «extrêmement sensibles», a-t-il déclaré, ce qui signifie «vous pouvez détecter de très petites quantités» d’un agent pathogène dans un échantillon donné.

Ceci est particulièrement utile avec COVID-19, a déclaré Hinshaw, car il permet aux laboratoires de détecter le virus chez les personnes qui sont « au tout début de leur maladie » et qui n’ont pas encore de grandes quantités de virus présentes dans leur corps.

Cela signifie également que les tests PCR permettront toujours de détecter de petites quantités de virus à la fin de la maladie d’une personne, lorsque son corps a principalement combattu le virus.

Même de petites quantités de virus mort peuvent être détectées – et ce fait est quelque chose que les experts disent qu’il a été transformé en fausses déclarations sur les tests défectueux.

Le problème est aggravé par le fait que certaines personnes déforment délibérément le fonctionnement des tests PCR, déclare Timothy Caulfield, titulaire d’une chaire de recherche du Canada en droit et politique de la santé à l’Université de l’Alberta à Edmonton.

« Je pense que l’une des raisons pour lesquelles il ne meurt pas est qu’il s’inscrit si bien dans la théorie du complot plus large que toute la pandémie est un canular et que les torts ont été exagérés », a-t-il déclaré.

« Ce qui, bien sûr, n’est pas vrai. »

Seuils et contexte du cycle

Un terme souvent entendu dans les cercles des médias sociaux où ces mythes se perpétuent est le «seuil de cycle» (CT), qui fait référence au nombre de cycles de copie nécessaires pour que le matériel génétique d’un virus soit détecté par un test PCR.

« L’affirmation la plus courante que je vois est que les valeurs CT sont trop élevées, donc le test n’est pas fiable », a déclaré Caulfield.

Une valeur CT élevée correspond en effet à une petite quantité de virus, mais cela en dit plus sur l’échantillon que sur le patient. La qualité d’un échantillon peut varier en fonction de la méthode d’échantillonnage (par exemple, un prélèvement nasal versus un prélèvement de gorge), la technique de l’agent de santé qui prélève l’échantillon, l’âge de l’échantillon et d’autres facteurs.

Le but principal d’un test PCR positif, dans le contexte du COVID-19, est de déterminer si le virus est présent, et non dans quelle mesure il se trouvait présent dans un échantillon particulier.

«En fait, différents échantillons provenant d’une même personne peuvent donner des valeurs CT différentes», explique Santé publique Ontario.

« Si le morceau d’ADN ne peut pas être copié, il n’y a pas de virus dans l’échantillon, ou il y a une quantité si faible que même ce test très sensible ne peut pas le détecter. »

Un test positif à une valeur CT élevée indique simplement qu’il y avait une petite quantité de virus dans un échantillon donné. Cela peut être dû au fait que le patient a une faible charge virale, ce qui pourrait signifier qu’il est au début de sa maladie ou à la fin de sa maladie. Ou il se peut que l’échantillon lui-même n’ait pas détecté beaucoup de virus.

«Tout test doit être utilisé dans le bon contexte clinique et épidémiologique», a déclaré Tipples d’Alberta Precision Laboratories.

« Mais vous ne pouvez pas simplement ignorer le fait que vous avez un test positif et le signaler comme négatif. Cela n’a absolument aucun sens. »

Les faux négatifs sont plus préoccupants

Si quoi que ce soit, les experts sont plus préoccupés par le risque de faux négatifs des tests PCR pour COVID-19, qui dépendent fortement du moment où un écouvillon est prélevé par rapport à la période d’infection.

Une étude de l’année dernière a révélé que les tests ne détectent pratiquement jamais le virus le jour 1 de l’infection et ont tendance à être à leur meilleur au jour 8, mais même dans ce cas, il peut y avoir des taux de faux négatifs allant jusqu’à 20%. Après le jour 8, l’étude a révélé que le taux de faux négatifs augmentait.

Les épidémiologistes en tiennent compte dans leur prise de décision. C’est pourquoi vous entendez parler de cas «probables» de COVID-19, qui sont souvent étiquetés comme tels lorsqu’une personne avec une exposition connue a des symptômes mais pas de test positif.

À l’inverse, les responsables de la santé publique tiennent également compte du risque que les tests PCR détectent un virus mort chez un patient qui s’est rétabli et n’est plus contagieux.

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« C’est exactement pourquoi nous n’avons pas besoin d’un test négatif avant de mettre fin à l’isolement », a déclaré Hinshaw. « Et pourquoi nous nous concentrons sur les tests au début des symptômes et tôt après les expositions, afin de minimiser l’impact que cette excrétion prolongée pourrait avoir. »

Tout cela pour dire que les maladies infectieuses sont compliquées et que les tests PCR font partie de l’image plus large du COVID-19.

Les experts dans le domaine passent des carrières à apprendre les subtilités de tout cela, alors Jarry, de l’Université McGill, a déclaré qu’il peut être frustrant lorsque des scientifiques de «fauteuils» captent une information et la transforment en conclusions erronées.

« Il doit y avoir un certain niveau d’humilité intellectuelle », a-t-il dit, « pour s’engager avec ces idées. »