Les startups de la région de la Baie se regroupent pour intensifier la recherche et les tests sur les coronavirus • The Nob Hill Gazette

Quelques semaines après le début de la commande de rester à la maison en Californie en mars de l’année dernière, Sri Kosuri a commencé à réfléchir. Les tests de coronavirus ressemblaient déjà à un désordre. Il savait que si nous voulions prendre le dessus sur le virus, les tests devaient être bon marché et généralisés. Kosuri, un biologiste qui a cofondé la société Octant, basée à Emeryville, qui utilise le séquençage de l’ADN pour rechercher de nouvelles cibles médicamenteuses, s’est demandé si sa propre technologie pouvait détecter le virus. Ainsi, lui et une poignée de ses collègues sont retournés dans le laboratoire et ont obtenu une réponse: non seulement leur plate-forme pouvait détecter le virus, mais elle pouvait aussi le faire à moindre coût et elle pouvait traiter de nombreux échantillons à la fois.

Au départ, Kosuri ne savait pas quoi faire avec ça. Les blocages de test étaient un problème massif et répandu, un casse-tête qu’une grande entreprise de logistique ou le gouvernement fédéral devrait plus facilement résoudre qu’une start-up biotechnologique de 12 personnes en Californie. «Il semblait que quelqu’un d’autre allait résoudre le problème», dit Kosuri.

Mais quand il est devenu clair qu’il n’y avait pas de solution coordonnée venant d’en haut, Octant a changé d’avis. Sa plate-forme de détection de coronavirus, qu’Octant a rendue open-source, a depuis été utilisée par l’UCLA et d’autres institutions. À la fin de l’année dernière, la société a annoncé qu’elle s’associait à Ginkgo Bioworks, basée à Boston, pour ouvrir une installation d’essai de 22 000 pieds carrés à Emeryville.

Octant n’est pas seul. La région de la baie – pleine de cerveaux de classe mondiale et de l’état d’esprit agile et perturbateur qui accompagne la culture des startups – abrite des centaines d’entreprises de biotechnologie. La pandémie a été à la fois une opportunité et un défi pour ces entreprises, une longue course pour repenser les outils et la recherche existants, pour mettre à niveau les idées et les mettre au monde à grande échelle. À la suite de longues journées en laboratoire et de collaborations inattendues, la région produit certains des outils les plus prometteurs et les plus innovants de la lutte continue et disparate contre le COVID-19.

Garder une longueur d’avance sur la nature

Les heures de veille de la communauté biotechnologique sont consacrées à réfléchir à des solutions à nos problèmes de santé les plus urgents, il était donc clair lorsque le virus est arrivé que les entreprises étaient sur le point d’apporter des contributions majeures. Il s’agissait simplement de savoir à quelle vitesse ils pouvaient offrir des améliorations – et comment les maintenir. «C’est un marathon», dit Angela mordant, vice-président senior des affaires corporatives de Twist Bioscience, société du sud de San Francisco. «C’est un marathon avec beaucoup de sprints entrelacés.»

Twist, entre autres, fabrique de l’ARN synthétique, qui peut être utilisé comme contrôle pour vérifier qu’un test génétique – comme de nombreux tests COVID courants – fonctionne avec précision. En mars 2020, la société a introduit des contrôles synthétiques pour les tests COVID, puis s’est efforcée de déterminer comment ils pourraient contribuer autrement. Depuis, ils ont déployé des panels de gènes qui aident les chercheurs à identifier et à analyser non seulement le coronavirus, mais aussi une multitude d’autres virus – une capacité que la pandémie actuelle a prouvée est essentielle. Et ils ont dû rester au courant des mutations virales, ajustant leurs contrôles synthétiques si nécessaire pour s’assurer qu’ils peuvent vérifier l’exactitude des tests au fur et à mesure que le virus évolue.

«La nature nous a donné COVID et Zika et la grippe espagnole et vous l’appelez», dit Bitting. «Nous devons… nous assurer que nous gardons une longueur d’avance et que nous avons des outils en place.»

Entrer dans le jeu

Pour Berkeley Lights à Emeryville, la course a commencé alors que le virus était encore largement confiné à la Chine. Berkeley Lights se concentre sur l’optofluidique, en utilisant la lumière pour déplacer des cellules individuelles dans des puces microfluidiques. Cela leur permet d’identifier des molécules qui peuvent être utiles contre diverses maladies, comme des anticorps qui peuvent empêcher la protéine coronavirus de se lier à son récepteur chez l’homme.

Début février, huit souris en Chine ont été infectées par le virus, puis escortées par la police à plus de 1200 kilomètres à travers le pays jusqu’à un laboratoire où la société mondiale de biosciences GenScript – utilisant la technologie de Berkeley Lights – a pu identifier d’éventuels anticorps. Une fois les souris arrivées, le processus a pris 24 heures. Les méthodes traditionnelles de dépistage des anticorps peuvent prendre des mois.

«Lorsque le COVID-19 est devenu plus répandu, nous avons changé notre priorité pour aider nos clients qui étaient activement impliqués dans la recherche d’un remède», note Anupam Singhal, chef de produit senior chez Berkeley Lights. La technologie de la société a depuis été utilisée pour identifier des centaines d’anticorps potentiels.

Parce que les collaborateurs et les fournisseurs en Chine sont courants dans le monde de la biotechnologie, les entreprises ont eu un premier aperçu de ce à quoi le monde entier ressemblerait bientôt – mais aussi la possibilité d’agir de manière inattendue.

«Nous entendions des histoires d’horreur» il y a plus d’un an, dit Rohan Dixit, le fondateur et PDG de Lief Therapeutics de San Francisco. Son entreprise propose un patch portable qui surveille la variabilité de la fréquence cardiaque en tant qu’outil de biofeedback. Sous les conseils d’urgence de la FDA pour la santé mentale pendant la pandémie, le patch de Lief est utilisé pour traiter les troubles anxieux qui sont arrivés de pair avec notre réalité actuelle.

Au début de la pandémie, Dixit était au téléphone avec un ami qui s’est mis à pleurer. Infirmière à l’UCSF, elle avait peur d’aller travailler; il n’y avait pas assez d’équipement de protection pour assurer la sécurité de tout le monde. «Je ne m’attendais pas à ce que le système de santé américain et les gens qui y travaillent tous les jours en fassent l’expérience», dit Dixit. «J’ai simplement supposé que nous aurions des chaînes d’approvisionnement qui seraient là et qui fonctionneraient.»

Ainsi, en plus de leur travail sur Lief, Dixit et ses collègues ont commencé à contacter leur réseau de fournisseurs en Chine, qui les a ensuite mis en contact avec des fabricants qui ont aidé à localiser les masques. En avril et mai, lui et ses collègues ont envoyé 50 000 masques de qualité médicale à des organisations de soins de santé à travers le pays. «Nous travaillions toute la journée sur les outils de santé mentale et Lief», se souvient Dixit, «et nous travaillions toute la nuit lorsque la Chine était réveillée pour essayer de trouver les bons masques. « 

Avoir hâte de

«Des tonnes et des tonnes de nuits tardives», résonne Trevor Martin de Mammoth Biosciences. Mammoth, que Martin a cofondé avec, entre autres, lauréate du prix Nobel de l’UC Berkeley Jennifer Doudna, utilise l’outil d’édition de gène CRISPR pour tester le coronavirus. L’approche de Mammoth, qui utilise la technologie CRISPR pour détecter et amplifier la séquence génétique virale dans un échantillon de patient, offre la même précision que les autres tests d’acide nucléique – l’étalon-or des tests – mais plus rapidement et avec moins de main-d’œuvre, dit Martin. Le diagnostic des virus à l’aide de CRISPR est une nouvelle frontière pour une technologie relativement nouvelle, et COVID a été un cas de test important. «C’est excitant de sortir une technologie du laboratoire», dit-il. «Nous voulons avoir un impact.»

L’avenir et les leçons que nous pouvons tirer de la pandémie sont dans l’esprit de Martin. «Et si vous ne faisiez que stocker des millions de ces tests décentralisés que vous pourriez facilement reprogrammer en moins de quelques semaines pour lutter contre toute nouvelle maladie émergente? Que pensez-vous de la surveillance à long terme? » il pose.

Au début de la pandémie, alors qu’il essayait de s’assurer que son test COVID fonctionnait, le Kosuri d’Octant était à la recherche d’une machine qPCR pour détecter l’ADN, afin de pouvoir valider ses résultats par rapport à une méthode de test plus traditionnelle. Les machines étaient rares, mais il en a finalement retrouvé une dans une entreprise locale de matériaux végétaliens, dont les scientifiques l’ont utilisée dans l’analyse moléculaire de nouveaux tissus. Ce n’était pas ainsi que le chef de l’entreprise pensait que son équipement serait utilisé, mais quand Kosuri a pris contact, il était plus qu’heureux de le prêter au combat. «Tout le monde était motivé pour essayer d’aider», dit Kosuri.

La réponse de la communauté biotechnologique locale au virus a été caractérisée par un esprit de collaboration et d’innovation, et les chercheurs espèrent appliquer cette philosophie aux défis futurs. «Les maladies sont un problème mondial et nous devons donc penser globalement», déclare Singhal de Berkeley Lights. «Il est de notre responsabilité de travailler ensemble pour les combattre.»

En rapport