Des échantillons d’eaux usées de Calgary montrent un pic récent de coronavirus

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Un projet qui surveille les eaux usées de Calgary pour la présence du virus responsable du COVID-19 montre un pic important depuis la mi-mars.

Les données, disponibles sous forme de graphique sur un site Web public, montrent des niveaux de virus à la hausse et des points d’échantillonnage plus élevés que les sommets précédents observés à la mi-décembre, lorsque Calgary en était à sa deuxième vague.

Le Dr Michael Parkins, professeur agrégé au département de médecine de l’Université de Calgary et chef de section des maladies infectieuses pour la zone de Calgary de l’Alberta Health Services, est l’un des chercheurs impliqués dans le projet. Il a déclaré que les précédents numéros d’échantillons d’eaux usées avaient prédit les futurs numéros de cas de COVID-19.

Les données de recherche disponibles en ligne proviennent des eaux usées collectées dans trois usines de traitement des eaux usées de la ville de Calgary.

Les chercheurs ont été en mesure de combiner les données des trois plantes en un seul nombre représentant toute la ville et de prédire approximativement le nombre de cas de COVID à l’aide d’un algorithme.

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«Ce que nous trouvons dans les eaux usées avec les pics, c’est (ils suggèrent) ce qui va se passer dans six jours», dit-il.

«En suivant les choses dans le temps – à l’aide de cet algorithme – notre capacité à prédire les choses sur un intervalle de confiance de 95% est très forte, six jours plus tard.»

Il a déclaré que depuis mars, certaines zones de la ville ont affiché une augmentation plus importante que d’autres, mais que tous les endroits découvrent plus de virus qu’en février.

« Nous prévoyons avec un grain de sel, mais l’augmentation persistante et constante du SRAS-CoV-2 est préoccupante, et le fait que ce que nous voyons maintenant dépasse ce que nous avons vu dans la vague 2 est particulièrement préoccupant », a déclaré Parkins.

Il a déclaré que travailler avec les eaux usées posait des problèmes, car lui et ses collègues ne recevaient pas d’échantillons homogènes. Au lieu de cela, ils ont développé des techniques pour compresser l’équivalent d’une journée entière d’eaux usées en un seul échantillon, ou pour rechercher des marqueurs dans l’échantillon qui les aident à mesurer la quantité relative de matières fécales.

«Ce qui n’est pas nécessairement important, c’est un point de données, mais des points de tendance», a-t-il déclaré.

Le nombre de cas de COVID-19 en Alberta suit une tendance à la hausse constante depuis début mars, passant du milieu des 300 par jour à plus de 1000 cas par jour.

Lundi, le premier ministre Jason Kenney a déclaré que la province pourrait de nouveau voir ce chiffre doubler.

«À l’heure actuelle, nous sommes sur la bonne voie pour atteindre probablement 2 000 cas quotidiens moyens dans un proche avenir et peut-être 20 000 cas actifs», a déclaré le premier ministre.

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Dans un communiqué, AHS a déclaré que l’autorité sanitaire était heureuse de s’associer à l’université et à la ville sur le projet.

«Tout ce qui permet de détecter plus tôt – au niveau communautaire – les épidémies de COVID-19 et leur propagation, serait un outil précieux dans notre réponse à la pandémie», lit-on dans le communiqué.

«En tant que partenaire du projet, recevant les résultats en temps réel, AHS intègre les données de ce projet de recherche avec d’autres données cliniques pour mieux comprendre la dynamique du COVID-19 dans la communauté.»

Parkins et les autres chercheurs ont également recueilli des données sur les eaux usées à partir d’endroits plus spécifiques, y compris six collectivités de Calgary et certains grands bâtiments tels que des écoles et des dortoirs.

Ces données plus spécifiques ne sont pas rendues publiques, en raison de problèmes de confidentialité.

« Plus nous obtenons de précision, plus les problèmes de confidentialité s’infiltrent. Mais nous constatons plus d’activité du SRAS-CoV-2 dans le nord-est que nous en avons vu dans le sud-ouest, par exemple », a-t-il déclaré.

Cette découverte correspond aux données de toute la pandémie, montrant systématiquement le quadrant nord-est de Calgary qui est le plus touché par le virus.

Parkins a déclaré que ce type d’échantillonnage et de test a une grande valeur car il ne fait pas de discrimination.

«Il a un potentiel très important pour tout capturer, et c’est formidable en ce qu’il est bien équilibré et inclusif», a-t-il déclaré. «Cela inclut tous les aspects de la société. Nous ne regardons donc pas un groupe plus qu’un autre, nous regardons tout le monde de la même manière. »

– Avec des fichiers de Sammy Hudes

brthomas@postmedia.com

Twitter: @brodie_thomas