Une étude à grande échelle révèle que la technologie des tests génétiques détecte à tort des variantes très rares
Une technologie largement utilisée par les sociétés commerciales de tests génétiques est « extrêmement peu fiable » dans la détection de variantes très rares, ce qui signifie que les résultats suggérant que les individus sont porteurs de variantes génétiques rares causant des maladies sont généralement faux, selon une nouvelle recherche publiée dans le BMJ.
Après avoir entendu parler de cas où des femmes avaient subi une intervention chirurgicale après avoir été informées à tort qu’elles présentaient de très rares variations génétiques du gène BRCA1 susceptibles d’augmenter considérablement le risque de cancer du sein, une équipe de l’Université d’Exeter a mené une analyse à grande échelle de la technologie à l’aide de données. de près de 50 000 personnes. Ils ont constaté que la technologie identifiait à tort la présence de variantes génétiques très rares dans la majorité des cas.
L’équipe a analysé les puces SNP, qui testent la variation génétique à des centaines de milliers d’emplacements spécifiques du génome. Bien qu’ils soient excellents pour détecter les variations génétiques courantes qui peuvent augmenter le risque de maladies telles que le diabète de type 2, les généticiens savent depuis longtemps qu’ils sont moins fiables pour détecter des variations plus rares. Cependant, ce problème est moins bien connu en dehors de la communauté de la recherche génétique, et les puces SNP sont largement utilisées par les sociétés commerciales qui proposent des tests génétiques directement aux consommateurs.
Caroline Wright, professeur de médecine génomique à la faculté de médecine de l’Université d’Exeter, auteur principal du document, a déclaré: «Les puces SNP sont fantastiques pour détecter les variantes génétiques courantes, mais nous devons reconnaître que les tests qui fonctionnent bien dans un scénario ne le sont pas nécessairement. applicable à d’autres. Nous avons confirmé que les puces SNP sont extrêmement faibles pour détecter les variantes génétiques très rares à l’origine de maladies, donnant souvent des résultats faussement positifs pouvant avoir un impact clinique profond. Ces faux résultats avaient été utilisés pour planifier des procédures médicales invasives qui étaient à la fois inutile et injustifié. »
L’équipe a comparé les données des puces SNP avec les données de l’outil le plus fiable de séquençage de nouvelle génération chez 49 908 participants de UK Biobank et 21 autres personnes qui ont partagé les résultats de leurs tests génétiques grand public via le Personal Genome Project.
L’étude a conclu que les puces SNP fonctionnaient extrêmement bien dans la détection des variantes génétiques communes. Cependant, plus la variation était rare, moins les résultats devenaient fiables. Dans des variantes très rares, présentes chez moins de 1 individu sur 100 000, typiques de celles causant des maladies génétiques rares, 84% étaient des faux positifs dans UK Biobank. Dans les données des clients commerciaux, 20 des 21 personnes analysées avaient au moins une variante faussement positive causant une maladie rare qui avait été mal génotypée.
Le Dr Leigh Jackson, maître de conférences en médecine génomique à l’Université d’Exeter et co-auteur de l’article, a déclaré: « Le nombre de faux positifs sur les variantes génétiques rares produites par les puces SNP était incroyablement élevé. Pour être clair: une maladie très rare -causant une variante détectée à l’aide d’une puce SNP est plus susceptible d’être erronée que correcte. Bien que certaines sociétés de génomique grand public effectuent un séquençage pour valider les résultats importants avant de les communiquer aux consommateurs, la plupart des consommateurs téléchargent également leurs données de puce SNP «brutes» pour une analyse secondaire, et ces données brutes contiennent encore ces résultats incorrects. Les implications de nos découvertes sont très simples: les puces SNP fonctionnent mal pour détecter des variantes génétiques très rares et les résultats ne doivent jamais être utilisés pour guider les soins médicaux d’un patient, à moins qu’ils n’aient été validés. «
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L’article publié aujourd’hui dans le BMJ est intitulé «Utilisation de puces SNP pour détecter des variantes pathogènes très rares: évaluation diagnostique rétrospective basée sur la population».
Notes aux rédacteurs: Pour plus de contexte, voir la déclaration conjointe du Royal College of General Practitioners et de la British Society for Genetic Medicine sur les tests génomiques directement destinés aux consommateurs, qui fait référence à la version pré-imprimée de l’article.
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