Les chasseurs de variantes : à l’intérieur de l’effort de l’Afrique du Sud pour enrayer les mutations dangereuses

NTUZUMA, Afrique du Sud — Il y a quelques mois, Sizakele Mathe, une agente de santé communautaire dans ce canton tentaculaire à flanc de colline à la périphérie de la ville de Durban, a été informée par une clinique qu’un voisin avait cessé de prendre ses médicaments. C’était un signe avant-coureur qu’elle avait probablement arrêté de prendre le comprimé antirétroviral qui supprime son infection par le VIH.

C’était une menace pour sa propre santé – et, à l’ère de Covid-19, cela aurait pu poser un risque pour tout le monde. La clinique a envoyé Mme Mathe gravir une colline, emprunter un chemin étroit et essayer de remettre la femme sous pilule.

Mme Mathe, aussi joyeuse qu’implacable, fait partie d’une campagne nationale de porte-à-porte lancinante. C’est la moitié d’un effort sud-africain sophistiqué pour enrayer l’émergence de nouvelles variantes du coronavirus, comme la souche Omicron qui a été identifiée ici et a secoué le monde la semaine dernière.

L’autre moitié se déroule dans un laboratoire à la pointe de la technologie à 40 kilomètres plus loin. À la plate-forme d’innovation et de séquençage de la recherche KwaZulu-Natal à Durban, les scientifiques séquencent les génomes de milliers d’échantillons de coronavirus chaque semaine. Le laboratoire KRISP, comme on l’appelle, fait partie d’un réseau national de chercheurs en virus qui a identifié à la fois les variantes Beta et Omicron, en s’appuyant sur l’expertise développée ici au cours de la lutte de plusieurs décennies contre le VIH dans la région.

Cette combinaison de haute technologie et de base représente l’une des lignes de front dans la bataille mondiale contre le coronavirus en évolution. Vendredi, le réseau de recherche en Afrique du Sud a signalé à un monde attendant avec impatience de nouvelles informations que la nouvelle variante semblait se propager deux fois plus rapidement que Delta, qui avait été considérée comme la version la plus contagieuse du virus.

Les chercheurs du KRISP sont des leaders mondiaux de la phylogénétique virale, l’étude de la relation évolutive entre les virus. Ils suivent les mutations du coronavirus, identifient les points chauds de transmission et fournissent des données cruciales sur qui infecte qui – qu’ils déduisent en suivant les mutations du virus à travers des échantillons – pour aider à freiner la propagation.

Depuis le début de la pandémie, ils scrutent de près l’évolution du virus en Afrique du Sud parce qu’ils s’inquiètent d’une chose en particulier : les huit millions de personnes dans le pays (13 % de la population) qui vivent avec le VIH.

Lorsque les personnes vivant avec le VIH se voient prescrire un antirétroviral efficace et le prennent régulièrement, leur corps supprime presque complètement le virus. Mais si les personnes séropositives ne sont pas diagnostiquées, n’ont pas reçu de traitement prescrit ou ne prennent pas ou ne peuvent pas prendre leurs médicaments régulièrement chaque jour, le VIH affaiblit leur système immunitaire. Et puis, s’ils attrapent le coronavirus, cela peut prendre des semaines ou des mois avant que le nouveau virus ne soit éliminé de leur corps.

Lorsque le coronavirus vit aussi longtemps dans leurs systèmes, il a la possibilité de muter et de muter et de muter à nouveau. Et, s’ils transmettent le virus muté, une nouvelle variante est en circulation.

« Nous avons des raisons de croire que certaines des variantes qui émergent en Afrique du Sud pourraient potentiellement être associées directement au VIH », a déclaré Tulio de Oliveira, le chercheur principal du réseau national de surveillance génétique.

Dans les premiers jours de la pandémie, les autorités sanitaires sud-africaines étaient préparées à la flambée des taux de mortalité des personnes vivant avec le VIH. où KRISP est hébergé. « Mais rien de tout cela ne s’est joué. » La principale raison est que le VIH est plus répandu chez les jeunes, tandis que le coronavirus a frappé plus durement les personnes âgées.

Une infection par le VIH rend une personne environ 1,7 fois plus susceptible de mourir de Covid – un risque élevé, mais qui est pâle par rapport au risque pour les personnes atteintes de diabète, qui sont 30 fois plus susceptibles de mourir. « Une fois que nous avons réalisé que telle était la situation, nous avons alors commencé à comprendre que nos vrais problèmes avec le VIH au milieu de Covid étaient la perspective que des personnes gravement immunodéprimées conduiraient à de nouvelles variantes », a déclaré le Dr Abdool Karim.

Les chercheurs du KRISP ont montré que cela s’est produit au moins deux fois. L’année dernière, ils ont retracé un échantillon de virus jusqu’à une femme de 36 ans séropositive qui suivait un régime de traitement inefficace et qui n’avait pas été aidée à trouver des médicaments qu’elle pouvait tolérer. Elle a mis 216 jours pour éliminer le coronavirus de son système ; pendant ce temps à l’intérieur de son corps, les virus ont acquis 32 mutations différentes.

En novembre, le Dr de Oliveira et son équipe ont retracé un échantillon de coronavirus avec des dizaines de mutations dans une autre partie du pays, le Cap occidental, où un autre patient adhère également mal au régime médicamenteux contre le VIH. Le coronavirus est resté dans son corps pendant des mois et a produit des dizaines de mutations. Lorsque ces femmes se sont vu prescrire des médicaments efficaces et conseillées sur la façon de les prendre correctement, elles ont rapidement éliminé le virus.

« Nous n’avons pas beaucoup de gens comme elle », a déclaré le Dr Abdool Karim à propos de la femme qui a mis 216 jours pour éliminer le coronavirus de son système. « Mais cela ne prend pas beaucoup de monde, cela prend juste un ou deux. » Et une seule variante peut secouer le monde, comme l’a fait Omicron.

L’origine de cette variante est encore inconnue. Les personnes vivant avec le VIH ne sont pas les seules dont les systèmes peuvent par inadvertance donner au coronavirus la chance de muter : cela peut arriver chez toute personne immunodéprimée, comme les patients transplantés et ceux qui subissent des traitements contre le cancer.

Au moment où l’équipe KRISP a identifié le deuxième cas d’une personne infectée par le VIH produisant des variantes de coronavirus, il y avait plus d’une douzaine de rapports du même phénomène dans la littérature médicale d’autres parties du monde.

Les virus mutent également chez les personnes dont le système immunitaire est sain. La différence pour les personnes vivant avec le VIH, ou une autre maladie immunosuppressive, est que parce que le virus reste dans leur système beaucoup plus longtemps, le processus de sélection naturelle a plus de temps pour favoriser les mutations qui échappent à l’immunité. La période de réplication typique chez une personne en bonne santé serait de quelques semaines au lieu de plusieurs mois ; moins de réplications signifie moins d’opportunités pour de nouvelles mutations.

Et parce que l’Afrique du Sud compte tant de personnes séropositives et parce que cette nouvelle pandémie a frappé durement ici, perturbant la vie à bien des égards, il est particulièrement urgent d’essayer de bloquer les variantes.

C’est là que les efforts des agents de santé communautaires tels que Mme Mathe entrent en jeu. Au cours d’une journée de travail typique, elle parcourt des chemins de terre devant des bornes-fontaines et des salons de coiffure qui fuient, armée d’un ancien téléphone portable et d’une liste mentale de ceux qui se sont présentés. à la clinique dernièrement, qui a l’air malade et qui a besoin d’une visite. Mme Mathe, qui suit elle-même un traitement contre le VIH depuis 13 ans, est payée 150 $ par mois.

Silendile Mdunge, une maigre de 36 ans mère de trois enfants, a arrêté de prendre ses antirétroviraux lors de la brutale troisième vague de Covid qui a frappé l’Afrique du Sud entre mai et juillet. Ses médicaments n’étaient plus livrés à un point de collecte communautaire voisin car de nombreux agents de santé ont été redéployés. Au lieu de cela, elle était censée récupérer les pilules dans une clinique centrale à environ neuf miles de là. Mais elle craignait de contracter ce nouveau virus dans un taxi partagé ou debout dans les immenses files d’attente des cliniques dont elle avait entendu parler.

Elle a cessé de prendre ses médicaments pendant quatre mois avant que Mme Mathe ne se présente dans la petite maison construite en bois de rebut que Mme Mdunge partage avec sept membres de sa famille.

« Elle m’a dit que les personnes qui ont fait défaut à leur traitement ne vivent plus, elle m’a dit que je devais penser à mes enfants, elle a dit que je pouvais mourir », a déclaré Mme Mdunge, appuyée sur le cadre de la porte rugueuse sous une pluie chaude et légère. . C’étaient des choses qu’elle savait déjà, dans l’abstrait.

Mais la présence persistante de Mme Mathe a rendu les avertissements difficiles à ignorer. Avec un haussement d’épaules et un roulement des yeux, Mme Mdunge a suggéré qu’elle recommence le traitement pour mettre fin au harcèlement autant qu’autre chose.

Mme Mathe a écouté ce récit de ses méthodes avec un sourire. « Si vous n’aviez pas d’amour pour les gens, vous ne feriez pas ce travail », a-t-elle déclaré.

Sur les huit millions de Sud-Africains séropositifs, 5,2 millions suivent un traitement, mais seulement les deux tiers de ce groupe réussissent à supprimer le virus avec des médicaments. Le problème s’étend au-delà des frontières de l’Afrique du Sud : 25 millions de personnes vivent avec le virus en Afrique subsaharienne, dont 17 millions sont supprimées viralement grâce à un traitement.

Le laboratoire KRISP séquence des échantillons de coronavirus de toute l’Afrique, pour combler certaines des lacunes pour les pays qui n’ont pas leur propre capacité à le faire. Le réseau de surveillance et le séquençage génomique de l’Afrique du Sud sont suffisamment complets pour que ses chercheurs puissent être les premiers à détecter même les cas qui ne proviennent pas du pays.

La grande peur est une variante avec « l’évasion immunitaire » : la capacité d’échapper aux vaccins Covid ou à la réponse immunitaire déclenchée par une infection précédente. Alors que de plus en plus de personnes en Afrique du Sud se font vacciner contre Covid, il est possible qu’une variante se prépare dans le corps d’une personne vaccinée.

« Vous avez une situation où vous avez le potentiel de créer des variantes vraiment désagréables », a déclaré le Dr Abdool Karim, qui a aidé à diriger la réponse Covid en Afrique du Sud. Les variantes précédentes sont apparues lorsque peu de personnes avaient accès à la vaccination, mais maintenant, l’Afrique du Sud a administré le vaccin à plus d’un tiers de ses citoyens. Si les personnes vaccinées avec le VIH n’ont pas ou ne prennent pas leurs antirétroviraux, il pourrait y avoir une opportunité pour le virus de muter pour échapper au vaccin.

« Maintenant, bon nombre de ces patients atteints du VIH ont été vaccinés et ont donc leurs réponses immunitaires. Donc, s’ils devaient générer une nouvelle variante, cette variante devra échapper à ces réponses immunitaires », a déclaré le Dr Abdool Karim.

Le Dr de Oliveira a déclaré qu’il s’inquiétait moins de l’émergence d’une variante résistante au vaccin en Afrique du Sud que, par exemple, une poche des États-Unis avec un VIH non traité, une faible couverture vaccinale et un réseau de surveillance plus faible que l’Afrique du Sud.

« Il y a de fortes chances que nous le trouvions en premier », a-t-il déclaré avec un rire sombre.

La différence avec le risque de mutation du virus chez les personnes séropositives non contrôlées, a-t-il souligné, est qu’il s’agit d’un problème avec une solution toute prête – faire suivre un traitement à toutes les personnes séropositives – alors qu’un patient greffé ou cancéreux n’a pas d’options.

Surtout, la réponse pour mettre fin à la menace variante est d’étouffer la transmission des coronavirus. « Vacciner, vacciner, vacciner la population africaine », a-t-il déclaré. « Mon inquiétude est le nationalisme vaccinal ou la thésaurisation du vaccin. » Les personnes vivant avec le VIH devraient être prioritaires pour les rappels de vaccins, afin de maximiser l’efficacité de leurs réponses immunitaires, a-t-il ajouté.

Jusqu’à présent, les efforts de l’Afrique du Sud pour s’attaquer au problème des variantes et être transparent à ce sujet ont eu un prix élevé, sous la forme d’interdictions de vol et d’isolement mondial.

« En tant que scientifiques, en particulier dans le genre d’avant-garde, nous débattons de minimiser le problème du VIH », a réfléchi le Dr de Oliveira dans son laboratoire la semaine dernière. « Si nous sommes très bruyants, nous risquons également, encore une fois, une grande discrimination et la fermeture des frontières et des mesures économiques. Mais, si vous n’êtes pas très bruyant, nous avons des morts inutiles.

Carl Zimmer rapports contribués.