« Le monde regarde l’Afrique du Sud » : des experts de la santé examinent les indices d’Omicron

Les responsables de la santé du monde entier suivent de près la vague croissante d’infections à coronavirus en Afrique du Sud à la recherche d’indices pour expliquer la variante Omicron fortement muté.

Alors que la souche a été détectée dans des pays allant du Royaume-Uni au Canada et à Hong Kong, c’est en Afrique du Sud et ses voisins où l’épidémie a été détectée pour la première fois qu’ils recherchent des données indispensables sur la nouvelle variante.

« Le monde regarde l’Afrique du Sud », a déclaré Deenan Pillay, professeur de virologie à l’University College London.

Il est particulièrement préoccupant que les 50 mutations très inhabituelles du virus puissent permettre à Omicron de se propager plus rapidement, tout en l’aidant à échapper à la protection immunitaire fournie par les vaccins et une infection antérieure. D’autres ont débattu de la gravité des symptômes liés à la nouvelle souche.

Les infections en Afrique du Sud ont bondi ces derniers jours, en raison d’une augmentation du nombre de cas dans la province de Gauteng, qui comprend Johannesburg et Tshwane. Les cas de Covid-19 ont plus que triplé au cours de la semaine dernière, passant de moins de 4 000 en sept jours au 21 novembre à 13 828 la semaine suivante, selon les données de l’Institut national sud-africain des maladies transmissibles (NICD).

La plupart d’entre eux ont été liés à Omicron, qui, grâce à une bizarrerie génétique, peut être détecté à partir de tests PCR réguliers sans avoir besoin de séquençage génomique.

Mais les experts ont insisté sur le fait que davantage de données réelles étaient nécessaires sur la transmissibilité, ajoutant qu’il n’y avait pas encore de preuves confirmées de sa gravité malgré des rapports anecdotiques au cours du week-end selon lesquels Omicron produisait des symptômes de maladie plus légers.

« Il y a beaucoup de choses que nous pensons savoir sur Omicron. . . L’Afrique du Sud sera le premier endroit où nous pourrons tester certaines de nos hypothèses », a ajouté Pillay.

Peu de gens doutent que les nouvelles infections continueront d’augmenter. En analysant des échantillons d’une installation de traitement des eaux usées à Gauteng, les chercheurs ont pu montrer qu’au milieu de ce mois, les traces du virus détectées avaient presque atteint les niveaux trouvés avant le pic de la vague Delta en juillet.

Salim Abdool Kalim, épidémiologiste et ancien chef du comité consultatif ministériel sud-africain sur Covid-19, a déclaré : « Nous allons obtenir plus de cas rapidement, et nous en voyons déjà les premières preuves. »

Il a prédit que quelle que soit la virulence de la souche, l’Afrique du Sud « verrait une pression sur les hôpitaux au cours des deux prochaines semaines ». Les admissions à l’hôpital liées à Covid ont déjà doublé en une semaine, pour atteindre 580 en sept jours jusqu’au 28 novembre, selon le NICD.

Dans le même temps, l’immunité serait à un niveau très élevé en Afrique du Sud, la grande majorité de la population étant estimée avoir été infectée par Covid-19 depuis le début de la pandémie, sur la base des chiffres de décès excessifs, ainsi que 29 pour cent de la population ayant reçu au moins une dose de vaccin.

Tom Wenseleers, professeur de biologie évolutive à l’Université de Louvain, a prédit que le R0 d’Omicron, le nombre de base de reproduction dans une population sans immunité et sans mesures de confinement, était « dans le stade » de la variante Delta, entre 6 et 7.

Mais il a suggéré que les mutations d’Omicron lui ont donné une « force supplémentaire » qui lui permettrait de « surpasser » Delta. « Nous pouvons dire à partir de la génétique du virus et de la propagation rapide en Afrique du Sud qu’Omicron posera un problème à tous les pays », a-t-il déclaré.

Malgré l’augmentation des admissions à l’hôpital, certains médecins travaillant sur le terrain ont exprimé l’espoir qu’Omicron puisse entraîner une maladie moins grave.

« Il ne semble pas pour le moment qu’il y ait un signe d’une sévérité accrue, mais c’est tôt. [In fact], la proportion de patients admis pour une maladie grave est assez faible et inférieure à ce que nous avons vu dans le reste de la pandémie », a déclaré Waasila Jassat, médecin et spécialiste du NICD, ajoutant que la grande majorité des admissions n’avaient pas été vaccinées .

Ailleurs dans le système de santé sud-africain, « il est encore tôt pour nous en tant que médecins généralistes », a déclaré Unben Pillay, médecin libéral à Gauteng, tout en notant avoir détecté une « très forte augmentation » des cas au cours des 10 derniers jours. , souvent avec des symptômes pseudo-grippaux légers.

David Stuart, professeur de biologie structurelle à l’université d’Oxford, a déclaré, dans le meilleur des cas : « Ce que nous espérons tous, c’est parce qu’il y a tellement de changements dans le virus, et ces changements affecteront presque certainement l’affinité avec [receptors in the human body], qu’Omicron peut provoquer une maladie un peu moins grave.

D’autres experts ont exhorté à la prudence de ne pas accorder trop de confiance à l’estimation de la gravité d’Omicron avant que des recherches approfondies sur la nouvelle souche ne soient terminées. « Les anecdotes ne soulèvent pas encore de drapeaux rouges, même si nous n’en sommes pas sûrs », a déclaré Abdool Karim.

Pillay de l’UCL a également mis en garde contre la lecture excessive des rapports de symptômes bénins en raison de la jeune population d’Afrique du Sud et du fait que certaines des premières épidémies se sont concentrées sur les universités de Pretoria.

Pendant ce temps, les scientifiques qui étudient la nouvelle variante sont reconnaissants pour la transparence et l’expertise scientifique de l’Afrique du Sud.

« Ils sont en avance sur nous sur la courbe épidémique et nous apprendrons beaucoup de ce qui se passe là-bas », a déclaré Stuart.

« L’Afrique du Sud a été extrêmement ouverte et a fait toutes les informations [on Omicron] à la disposition de la communauté mondiale en temps opportun. Pour cela, nous devrions être extrêmement reconnaissants », a-t-il ajouté.

Reportage supplémentaire de Donato Paolo Mancini à Londres