Immunité de la population et gravité du Covid-19 avec la variante Omicron en Afrique du Sud
Intervenants
Participants au sondage.
Cette enquête (réalisée du 22 octobre au 9 décembre 2021) a inclus les mêmes ménages qui avaient été échantillonnés lors de notre précédente enquête (réalisée du 4 novembre 2020 au 22 janvier 2021).9 Pour tenir compte de la non-participation, de l’émigration et des décès possibles depuis l’enquête précédente, il y a eu une augmentation de 10 % des ménages échantillonnés; les ménages supplémentaires ont été échantillonnés dans les mêmes grappes utilisées précédemment.
Séroprévalence des IgG contre la protéine de pointe du SRAS-CoV-2 ou la protéine de nucléocapside à Gauteng, Afrique du Sud, du 22 octobre au 9 décembre 2021, et facteurs de risque de séropositivité.
Nous avons obtenu des échantillons adéquats pour l’évaluation du statut sérologique de 7010 des 7498 participants de 3047 ménages (Figure 1); 83% des échantillons avaient été obtenus au 25 novembre 2021, date à laquelle le variant omicron a été identifié pour la première fois (Fig. S1). Les caractéristiques démographiques et du ménage, les conditions médicales sous-jacentes connues et le statut du virus de l’immunodéficience humaine déclaré par les participants, ainsi que le statut vaccinal des participants à l’enquête sont présentés dans Tableau 1. La mesure dans laquelle la population de l’enquête était représentative de la population générale du Gauteng et de l’Afrique du Sud est décrite dans le tableau S2. La vaccination dans le Gauteng selon le district, l’âge et le vaccin est résumée dans le tableau S3. Au 25 novembre 2021, sur la population totale de 12 191 569 personnes âgées de 12 ans ou plus (qui étaient éligibles à la vaccination), 4 386 646 (36,0 %) avaient reçu au moins une dose de BNT162b2 ou Ad26.COV2.S, et 2 452 017 (20,1 %) avaient reçu deux doses. Sur les 2 416 045 personnes âgées de plus de 50 ans, 1 074 303 (44,5 %) avaient reçu deux doses de BNT162b2.
Séroprévalence
Parmi les participants non vaccinés, la prévalence globale de la séropositivité des IgG anti-spike ou anti-nucléocapside était de 68,4 % (intervalle de confiance à 95 % [CI], 67,2 à 69,6), alors que la prévalence de la séropositivité des IgG anti-nucléocapside était de 39,7 % (IC à 95 %, 38,4 à 41,0), un résultat qui indique un manque de sensibilité des IgG anti-nucléocapside pour la détection d’une infection antérieure. Nous nous sommes donc concentrés sur la prévalence globale de la séropositivité IgG anti-spike ou anti-nucléocapside.
Parmi tous les participants, la séroprévalence globale était de 73,1 % (IC à 95 %, 72,0 à 74,1) (Tableau 1). La séroprévalence était hétérogène entre les districts provinciaux, allant de 66,7 % (IC à 95 %, 54,2 à 69,0) à Tshwane, où la variante omicron a été identifiée pour la première fois, à 76,2 % (IC à 95 %, 74,5 à 77,8) à Johannesburg (Fig. S2 ). De plus, la séroprévalence était hétérogène d’un sous-district à l’autre, allant de 72,7 % à 85,8 % à Johannesburg et de 58,9 % à 77,4 % à Tshwane (tableau S4).
Les participantes étaient plus susceptibles d’être séropositives que les participants masculins (76,9 % contre 67,9 % ; risque relatif, 1,13 ; IC à 95 %, 1,10 à 1,17). La séroprévalence variait selon le groupe d’âge ; il était le plus faible chez les enfants de moins de 12 ans (56,2 %) et le plus élevé chez les adultes de plus de 50 ans (79,7 %). Les enfants de 12 à 17 ans étaient plus susceptibles d’être séropositifs que les enfants de moins de 12 ans (73,8 % contre 56,2 % ; risque relatif, 1,31 ; IC à 95 %, 1,21 à 1,42). Les participants qui avaient reçu un vaccin Covid-19 étaient plus susceptibles d’être séropositifs que les participants non vaccinés (93,1 % contre 68,4 % ; risque relatif, 1,36 ; IC à 95 %, 1,33 à 1,39). Parmi les participants vaccinés, la séroprévalence était constamment élevée dans tous les groupes d’âge ; chez les adultes de 18 à 50 ans, ceux qui étaient vaccinés avaient une séroprévalence plus élevée que ceux qui n’étaient pas vaccinés.
Les participants qui avaient déjà été testés positifs pour l’infection par le SRAS-CoV-2 étaient plus susceptibles d’être séropositifs que les participants qui n’avaient jamais été testés (88,2 % contre 71,7 % ; risque relatif, 1,23 ; IC à 95 %, 1,17 à 1,30). Les participants vivant dans un établissement informel avaient une séroprévalence plus faible que les participants vivant dans une maison individuelle (66,3 % contre 74,2 % ; risque relatif, 0,89 ; IC à 95 %, 0,86 à 0,93). Le tabagisme quotidien était associé à une séroprévalence plus faible que le fait de ne pas fumer (66,5 % contre 77,6 % ; risque relatif, 0,86 ; IC à 95 %, 0,82 à 0,90).
Tendances Covid-19
Cas, hospitalisations, décès enregistrés et surdécès attribuables au Covid-19 dans le Gauteng, en Afrique du Sud, depuis le début de la pandémie jusqu’au 12 janvier 2022.
Sont indiqués les incidences des cas quotidiens, des hospitalisations hebdomadaires, des décès enregistrés quotidiennement et des décès excédentaires hebdomadaires attribuables à la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19). L’encart montre l’incidence des décès enregistrés quotidiennement sur un axe y agrandi. La ligne pointillée horizontale indique une incidence de zéro. Les données proviennent des bases de données quotidiennes de l’Institut national des maladies transmissibles jusqu’au 12 janvier 2022, à l’exception des données concernant les décès excédentaires hebdomadaires attribuables à Covid-19, qui ont été définies par et provenant du Conseil sud-africain de la recherche médicale jusqu’au 8 janvier. 2022.16 La variante B.1.1.529 (omicron) a été identifiée pour la première fois le 25 novembre 2021. Les cas comprenaient des infections asymptomatiques et symptomatiques par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) confirmé soit par un test d’amplification des acides nucléiques, soit par un test antigénique. Les changements dans la fréquence des tests limitent les comparaisons directes des nombres de cas ; en particulier, la fréquence plus faible des tests lors de la première vague, due à des contraintes de capacité de laboratoire et à la priorisation des tests pour les personnes hospitalisées, empêche la comparaison directe des cas de la première vague avec ceux des vagues suivantes. Les hospitalisations comprenaient les admissions pour une infection par le SRAS-CoV-2, ainsi que les admissions pour d’autres maladies dans lesquelles une infection par le SRAS-CoV-2 a été accidentellement identifiée lors d’un dépistage de routine au moment de l’admission. Le dispositif DATCOV a été développé lors de la première vague, avec une intégration progressive des établissements ; ainsi, les hospitalisations de la première vague peuvent être sous-estimées. Les définitions des décès enregistrés et des décès supplémentaires attribuables au Covid-19 sont fournies dans l’annexe supplémentaire.
Cas de Covid-19, hospitalisations et décès enregistrés dans le Gauteng, Afrique du Sud, selon le groupe d’âge.
Les moyennes mobiles sur 7 jours de l’incidence des cas quotidiens, des hospitalisations et des décès enregistrés chez les participants âgés de 4 ans ou moins (partie A), de 5 à 17 ans (partie B), de 18 à 44 ans ( Partie C), 45 à 59 ans (partie D) et 60 ans ou plus (partie E). La ligne pointillée horizontale indique une incidence de zéro. Étant donné que les incidences diffèrent selon les groupes d’âge, différentes échelles de l’axe des y sont utilisées pour chaque groupe d’âge afin de clarifier et d’aider à l’interprétation visuelle des tendances dans chaque groupe.
Les cas quotidiens, les hospitalisations hebdomadaires, les décès enregistrés quotidiennement et les décès excédentaires hebdomadaires attribuables à Covid-19 dans le Gauteng sont présentés dans Figure 2. Les cas quotidiens, les hospitalisations et les décès enregistrés sont également présentés avec une stratification selon le groupe d’âge (figure 3) et selon le sexe (Fig. S3).
Au cours de la quatrième vague de Covid-19, dans laquelle la variante omicron était dominante, l’incidence quotidienne des cas a augmenté plus rapidement et a également semblé diminuer plus rapidement qu’elle ne l’avait fait lors des trois vagues précédentes (Figure 2). Le délai entre le début et le pic de la vague était de 1 mois dans la quatrième vague, contre 2 mois dans la troisième vague. Au 12 janvier 2022, l’incidence des cas n’était pas encore complètement revenue au niveau d’avant le début de la quatrième vague, mais la vague touchait à sa fin, sur la base de la trajectoire indiquée dans Figure 2. À cette époque, il n’y avait presque aucun décès enregistré ou excédentaire attribuable au Covid-19 pour 100 000 habitants.
Cas cumulés signalés, hospitalisations, décès enregistrés et décès supplémentaires attribuables à Covid-19 dans le Gauteng, en Afrique du Sud, selon la vague Covid-19.
Le nombre de cas documentés de Covid-19 dans la quatrième vague (226 932) était supérieur à celui de la deuxième vague (182 564) et inférieur à celui de la troisième vague (511 638), alors que les incidences d’hospitalisation, de décès enregistrés et de surmortalité attribuables au Covid-19 dans la quatrième vague étaient systématiquement inférieurs aux incidences des vagues précédentes (Tableau 2). De plus, les incidences maximales d’hospitalisation, de décès enregistrés et de surmortalité au cours de la quatrième vague étaient inférieures aux incidences maximales des vagues précédentes. La quatrième vague a contribué respectivement à 11,2 %, 3,9 % et 3,3 % de l’ensemble des hospitalisations, des décès enregistrés et des décès supplémentaires dus au Covid-19, tandis que la troisième vague, dans laquelle la variante delta était dominante, a contribué à 43,6 %, 49,3 % , et 52,7 %. Des tendances similaires ont été observées dans tous les districts (Fig. S4). Bien qu’il y ait un décalage dans la déclaration des décès excédentaires hebdomadaires, l’incidence de la quatrième vague au 8 janvier 2022 (12 pour 100 000 habitants) était inférieure à l’incidence de la troisième vague (197 pour 100 000 habitants). Au 12 janvier 2022, les incidences étaient sur une trajectoire descendante continue, avec une moyenne mobile sur 7 jours de 7,28 cas, 0,96 hospitalisations et 0,11 décès enregistrés pour 100 000 habitants – une diminution d’un facteur de 9,3, 3,3 et 2,4 par rapport à l’incidence maximale de 67,56 cas, 3,18 hospitalisations et 0,26 décès enregistrés pour 100 000 habitants, respectivement. Les incidences approchaient les niveaux d’avant la vague (au 25 octobre 2021) de 0,46 cas, 0,15 hospitalisations et 0,04 décès enregistrés pour 100 000 habitants.
Au cours de la quatrième vague, une diminution de l’incidence des hospitalisations et des décès enregistrés était évidente dans tous les groupes d’âge de plus de 17 ans et chez les hommes et les femmes. Les incidences d’hospitalisation et de décès enregistrés chez les enfants de 17 ans ou moins, qui ont toujours été nettement inférieures aux incidences dans les groupes d’âge plus âgés, étaient similaires aux incidences des vagues précédentes, à l’exception d’une mortalité plus faible chez les enfants de 5 à 17 ans d’âge lors de la quatrième vague que lors de la troisième vague (à dominante delta) (figure 3 et tableaux S5, S6 et S7).