Variantes du coronavirus : voici ce que nous savons


Mais elle a un long chemin à parcourir pour prendre le relais de Delta, la variante qui domine partout dans le monde. Et la longue liste de variantes qui ont d’abord effrayé le monde avant de disparaître de la carte peut rappeler que les virus sont imprévisibles.

Voici un aperçu des variantes de coronavirus nommées.

L’OMS désigne les variantes du coronavirus soit comme des variantes préoccupantes – ce qui signifie qu’elles semblent suffisamment dangereuses pour supporter un examen minutieux et des mises à jour continuelles – soit comme des variantes d’intérêt, ou des variantes sous surveillance. Seuls cinq répondent actuellement à la définition des variantes préoccupantes : Alpha, Beta, Gamma, Delta et Omicron.

Omicron

Le premier échantillon de la lignée Omicron ou B.1.1.529 a été prélevé le 9 novembre, selon l’OMS. Cela s’est fait remarquer en raison d’une augmentation du nombre de cas en Afrique du Sud.

« Cette nouvelle variante, B.1.1.529 semble se répandre très rapidement ! Tulio de Oliveira, directeur du Centre sud-africain de réponse aux épidémies et d’innovation, et un chercheur en génétique à l’Université de Stellenbosch, a déclaré sur Twitter.

En outre, le séquençage génétique a montré qu’il portait un grand nombre de mutations troublantes sur la protéine de pointe – la structure en forme de bouton à la surface du virus qu’elle utilise pour s’attaquer aux cellules qu’elle infecte.

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Certaines de ces mutations étaient déjà reconnues à partir d’autres variantes et étaient connues pour les rendre plus dangereuses, notamment une appelée E484A – une version légèrement modifiée d’une mutation appelée E484K qui peut rendre le virus moins reconnaissable pour certains anticorps – des protéines du système immunitaire qui constituent une défense de première ligne contre l’infection et constituent la base des traitements par anticorps monoclonaux.

Il porte également une mutation appelée N501Y, qui a donné à la fois à Alpha et à Gamma leur transmissibilité accrue. Pas plus tard que la semaine dernière, Scott Weaver de la branche médicale de l’Université du Texas et ses collègues ont rapporté dans la revue Nature que cette mutation particulière rendait le virus meilleur à se répliquer dans les voies respiratoires supérieures – pensez au nez et à la gorge – et le rend probablement plus probable se propager lorsque les gens respirent, éternuent et toussent.

Comme Delta, Omicron porte également une mutation appelée D614G, qui semble aider le virus à mieux se fixer aux cellules qu’il infecte.

« Le nombre de mutations en soi ne signifie pas que la nouvelle variante causera des problèmes ; bien qu’elle puisse le rendre plus susceptible d’avoir une apparence différente du système immunitaire », Dr Peter English, ancien président de la British Medical Association’s Public Health Medicine. Comité, a déclaré dans un communiqué.

Ce qui inquiète les scientifiques, c’est le nombre de mutations affectant la protéine de pointe. C’est parce que la plupart des principaux vaccins ciblent la protéine de pointe. Les vaccins fabriqués par Pfizer/BioNTech, Moderna, Johnson & Johnson, AstraZeneca et d’autres sociétés n’utilisent que de petits morceaux ou des séquences génétiques du virus et non du virus entier, et tous utilisent des morceaux de la protéine de pointe pour susciter l’immunité. Ainsi, un changement dans la protéine de pointe qui la rendrait moins reconnaissable pour les protéines du système immunitaire et les cellules stimulées par un vaccin serait un problème.

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Jusqu’à présent, il n’y a aucune preuve que cela se soit produit, mais il n’y a aucun moyen de le savoir en examinant uniquement les mutations. Les chercheurs devront attendre et voir si plus d’infections révolutionnaires sont causées par Omicron que par d’autres variantes.

L’autre crainte est que les mutations puissent contribuer à rendre le virus moins sensible aux traitements par anticorps monoclonaux. Cependant, l’OMS dit qu’il est peu probable que ces mutations affectent d’autres traitements Covid-19, y compris les médicaments antiviraux en cours de développement et le stéroïde dexaméthasone.

Jusqu’à présent, Omicron a été détecté dans 17 pays, dont l’Afrique du Sud et le Botswana, et parmi les voyageurs en Belgique, aux Pays-Bas, en Australie, au Canada, au Royaume-Uni, en Italie, en Israël et en Autriche, selon la base de données GISAID et les autorités locales.

Il faut une couche supplémentaire de tests au-delà des tests standard pour détecter l’infection et savoir quelle variante du coronavirus a infecté quelqu’un. Le séquençage génétique doit être effectué et cela prend plus de temps qu’un test rapide d’antigène ou un test PCR.

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Il est également trop tôt pour dire si Omicron provoque une maladie plus grave, bien qu’un médecin qui a traité certains patients en Afrique du Sud ait déclaré à Reuters que ses patients ne présentaient que des symptômes bénins. « La plainte clinique la plus prédominante est une fatigue intense pendant un ou deux jours, suivie de maux de tête et de courbatures et de douleurs », a déclaré le Dr Angelique Coetzee, praticienne privée et présidente de l’Association médicale sud-africaine.

Mais les médecins conviennent que la vaccination est susceptible de fournir une grande protection contre Omicron et exhortent les gens à se faire vacciner s’ils ne le sont pas déjà. A noter : juste moins de 24 % de la population totale d’Afrique du Sud est vaccinée. Seuls 35% des Sud-Africains adultes sont complètement vaccinés, a déclaré dimanche le président du pays, Cyril Ramaphosa. Et l’Afrique du Sud compte de nombreuses personnes infectées par le VIH – qui supprime le système immunitaire – qui sont actuellement incapables d’obtenir un traitement et qui peuvent être plus sensibles à l’infection.

Ces facteurs peuvent influencer l’augmentation de la variante en Afrique du Sud par opposition aux pays où plus de personnes sont vaccinées et moins de maladies immunodéprimées.

Les barrières physiques fonctionneront également contre tout virus mutant. Ceux-ci incluent les masques, le lavage des mains, la distanciation physique et une bonne ventilation. « Beaucoup d’incertitudes mais nous savons ce qui fonctionne par rapport au CoV-19 : – amélioration de la ventilation intérieure – masques/respirateurs de qualité – évitez les foules à l’intérieur – distanciation – testez, isolez, mettez en quarantaine – vax + booster maintenant pour Delta », Dr Jeffrey Duchin, santé officier de Seattle et du comté de King, a tweeté dimanche.

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Alors que les experts disent qu’ils surveillent de près, plusieurs ont déclaré qu’ils ne s’inquiétaient pas particulièrement pour Omicron pour l’instant.

« Je ne pense pas que nous devrions paniquer », a déclaré à CNN Robert Garry, professeur de microbiologie et d’immunologie à la Tulane University School of Medicine.

« Le ciel ne tombe pas », a déclaré à CNN le Dr Peter Hotez, doyen de l’École de médecine tropicale de Baylor. « Nous n’avons vu aucune preuve qu’Omicron provoque une maladie plus grave que toute autre variante. »

Delta

La variante Delta du coronavirus est désormais la lignée dominante aux États-Unis et dans une grande partie du monde. La variante Delta représente 99,9% des cas aux États-Unis, selon les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis.

Également connu sous le nom de B.1.617.2, il est clairement plus transmissible que d’autres variantes, mais on ne sait toujours pas s’il provoque une maladie plus grave.

Il a rapidement pris le relais de la variante B.1.1.7, ou Alpha, dans la plupart des pays.

Delta porte également un groupe de mutations sur la protéine de pointe. Il peut également échapper au système immunitaire, ce qui peut signifier que les personnes qui ont été infectées une fois par une variante plus ancienne peuvent être plus susceptibles de l’attraper à nouveau. Il échappe également aux effets d’un traitement par anticorps monoclonal appelé bamlanivimab, fabriqué par Eli Lilly and Company, mais est vulnérable à la protection offerte par d’autres traitements par anticorps monoclonaux.

Alpha

Identifiée pour la première fois comme variante préoccupante en décembre dernier, la variante B.1.1.7 ou Alpha du coronavirus inquiétait les responsables de la santé publique au printemps dernier. Il a balayé rapidement l’Angleterre, puis s’est répandu dans le monde, devenant rapidement la lignée dominante aux États-Unis. Il a maintenant été rétrogradé à « Variant étant surveillé » par le CDC en raison de son faible impact aux États-Unis.

Il s’est avéré au moins 50 % plus transmissible que les lignées plus anciennes. Il porte 23 mutations, dont une appelée N501Y qui augmente la transmission.

Il est totalement sensible aux traitements et vaccins par anticorps monoclonaux.

Bêta

Vu pour la première fois en Afrique du Sud, le variant B.1.351 ou bêta possède à la fois une mutation E484K liée à l’évasion immunitaire et la mutation N501Y soupçonnée d’aider à rendre de nombreux autres variants plus contagieux. Il s’est avéré qu’il est 50 % plus transmissible que les souches plus anciennes et échappe au double traitement par anticorps monoclonal de Lilly, mais pas aux autres.

Les tests sanguins et l’utilisation dans la vie réelle suggèrent tous deux qu’il peut infecter les personnes qui se sont rétablies du coronavirus et également les personnes qui ont été vaccinées contre Covid-19.

Les fabricants de vaccins essayant de devancer les nouvelles variantes en développant des injections de rappel s’étaient concentrés sur B.1.351, car c’est la variante que les scientifiques craignent le plus de pouvoir échapper à la protection vaccinale. Mais évasion partielle ne signifie pas évasion totale, et les vaccins devraient toujours protéger les gens dans une certaine mesure.

Il a été dépassé par Delta en Afrique du Sud et n’a jamais vraiment pris pied aux États-Unis, malgré les inquiétudes qu’il a suscitées, et est maintenant désigné comme une variante surveillée par le CDC.

Gamma

La variante P.1 ou Gamma qui a balayé le Brésil n’a également jamais gagné beaucoup de terrain ailleurs et est également désormais une variante CDC surveillée.

Gamma porte à la fois les mutations E484K et N501Y, avec plus de 30 autres. Il a été démontré qu’il échappe aux effets du traitement par anticorps monoclonal de Lilly, mais pas à celui de Regeneron. Des tests sanguins montrent qu’il pourrait en partie échapper aux réponses immunitaires naturelles et provoquées par la vaccination.

Variantes d’intérêt de l’OMS

Lambda : Lambda ou C.37 a été désignée variante d’intérêt de l’OMS en juin. Le CDC n’en parle pas.

Mu : Mu ou B.1.621 a provoqué une vague de peur lorsqu’il a été déclaré variante d’intérêt de l’OMS en août, mais il a rapidement fait long feu. Il est maintenant désigné variante surveillée par le CDC.

Variantes surveillées par le CDC

Toutes les variantes suivantes sont répertoriées par le CDC en tant que variantes surveillées.

Epsilon : Les variantes B.1.427 et B.1.429 sont généralement regroupées et connues sous le nom d’Epsilon. Vu pour la première fois en Californie, celui-ci a la même mutation L452R portée par Delta, mais pas certaines de ses autres mutations et n’a pas décollé comme Delta l’a fait.

Des chercheurs sud-africains gardent un œil attentif sur une autre nouvelle variante de coronavirus

Iota: Vue pour la première fois à New York en novembre dernier, la variante B.1.526 ou Iota s’est d’abord propagée, représentant jusqu’à 9% des échantillons en avril dernier, mais elle a maintenant pratiquement disparu. Il a ce qu’on appelle une mutation 484 qui devrait aider le virus à se fixer plus facilement aux cellules qu’il infecte et rend le virus moins reconnaissable par le système immunitaire.

Eta : Vu pour la première fois au Royaume-Uni et au Nigeria, Eta, également connu sous le nom de B.1.525, porte une mutation E484K. Il a également pratiquement disparu.

Zêta : Circulant au Brésil depuis l’année dernière, cette variante, également connue sous le nom de P.2, porte également la mutation E484K et n’a pas été trouvée largement dans le monde. Il a presque disparu aux États-Unis, selon le CDC.

Il n’y a pas de variantes désignées Nu ou Xi. L’OMS a décidé que « Nu » ressemblait trop au mot anglais « nouveau » et Xi est un nom de famille courant.

Cette histoire a été corrigée pour montrer qu’Omicron porte une mutation appelée E484A, qui est similaire mais pas exactement la même que E484K.

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