Une nouvelle méthode fait progresser les technologies transcriptomiques unicellulaires
Les méthodes de transcriptomique à cellule unique permettent aux scientifiques d’étudier des milliers de cellules individuelles d’organismes vivants, une par une, et de séquencer le matériel génétique de chaque cellule. Les gènes sont activés différemment dans chaque type de cellule, donnant naissance à des types de cellules tels que les neurones, les cellules cutanées et les cellules musculaires.
La transcriptomique unicellulaire permet aux scientifiques d’identifier les gènes actifs dans chaque type de cellule et de découvrir comment ces différences génétiques modifient l’identité et la fonction cellulaires. Une étude approfondie de ces données peut permettre de découvrir de nouveaux types de cellules, y compris des cellules souches non observées auparavant, et aider les scientifiques à retracer des processus de développement complexes.
«La transcriptomique unicellulaire a révolutionné la biologie mais reste un domaine en développement actif», explique Helena Garcia Castro, doctorante au Département de sciences biologiques et médicales de l’Université d’Oxford Brookes et co-auteur de l’article.
«Les méthodes actuelles utilisent des protocoles de dissociation cellulaire avec des tissus« vivants », qui mettent les cellules sous tension, les entraînant à changer et limitant les investigations précises.»
Pour résoudre ce problème, l’équipe de recherche a utilisé des recherches historiques et a relancé un processus des XIXe et XXe siècles pour créer la méthode ACME (dissociation de l’acide acétique MEthanol).
Les scientifiques ont réalisé qu’avec cette méthode, les cellules ne souffraient pas de la dissociation car elle arrête leur activité biologique et les «corrige» dès le début de l’enquête.
La méthode ACME permet ensuite aux cellules d’être cryoconservées, une ou plusieurs fois tout au long du processus, soit immédiatement après le processus de dissociation, sur le terrain ou lors de la réalisation de protocoles en plusieurs étapes.
Le Dr Jordi Solana, chercheur à l’Université d’Oxford Brookes ajoute: « Cela signifie que les scientifiques peuvent désormais échanger des échantillons entre les laboratoires, préserver le matériel cellulaire et de grands ensembles d’échantillons peuvent être congelés afin d’être analysés simultanément, sans détruire l’intégrité du matériel génétique dans la cellule.
«Nous avons repris la méthode des anciens papiers et l’avons réutilisée pour la faire fonctionner avec les techniques actuelles de transcriptomique monocellulaire. Avec notre nouvelle méthode, nous allons maintenant tenter de caractériser les types de cellules chez de nombreux animaux.
Les scientifiques peuvent désormais collaborer avec d’autres laboratoires et rechercher une plus grande variété de cellules animales, grâce à la méthode ACME. Cela n’aurait pas été possible sans la technologie permettant de dissocier et de congeler les tissus de cellules vivantes.
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L’article, ACME dissociation: une méthode polyvalente de fixation-dissociation cellulaire pour la transcriptomique unicellulaire, est publié dans Biologie du génome.
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