Quelques jours plus tard, le même phénomène a été signalé au département de pathologie moléculaire du Lancet à Johannesburg.

Le Dr Allison Glass, pathologiste au Lancet, a déclaré que la découverte coïncidait avec une augmentation des cas positifs de Covid-19 dans certaines parties de l’Afrique du Sud.

Dans la province du Gauteng, qui comprend Johannesburg, moins de 1% des personnes étaient testées positives début novembre, mais ce chiffre est passé à 6% en quinze jours et à 16% mercredi.

La découverte « a fait craindre une nouvelle vague », a déclaré Glass à CNN. « Notre première pensée a été : Voici notre calme de décembre et les vacances de Noël ».

Trois semaines plus tard, ce que les scientifiques sud-africains étaient tombés sur serait connu dans le monde entier sous le nom de variante Omicron du coronavirus.

Le pic de Gauteng n’est pas passé inaperçu au Network for Genomics Surveillance in South Africa (NGS-SA). Son directeur, Tulio de Oliveira, a convoqué une réunion pour le 23 novembre. Il a déclaré au New Yorker : « Un membre de notre réseau nous a dit qu’un laboratoire privé, Lancet Laboratories, avait envoyé six génomes d’un virus très muté. Et, lorsque nous avons examiné les génomes, nous nous sommes beaucoup inquiétés car ils ont découvert une défaillance de l’une des sondes lors du test PCR. »

Le CERI a rapidement intensifié les tests d’échantillons dans le Gauteng et a constaté que la variante apparaissait très fréquemment. Tulio a ensuite observé sur Twitter qu’en moins de deux semaines, la nouvelle variante « domine toutes les infections à la suite d’une vague Delta dévastatrice en Afrique du Sud ».

Origine un mystère

On ignore encore où et quand Omicron a émergé pour la première fois. Il n’y a pas de « Patient Zéro » identifiable, une première personne connue pour avoir été infectée par la variante.

Comme le directeur des Centres africains de contrôle et de prévention des maladies, John Nkengasong, a déclaré à CNN le 30 novembre : « Nous ne pouvons tout simplement pas évaluer d’où cela vient ».

« Les premiers cas ont été reconnus et identifiés au Botswana puis en Afrique du Sud », a déclaré Nkengasong. Mais il a souligné: « Identifier un virus, une nouvelle souche ou une nouvelle variante ne signifie pas qu’il vient de là. »

« Cela pourrait bien être la conséquence d’une épidémie, probablement dans certaines parties de l’Afrique subsaharienne, où il n’y a pas beaucoup de surveillance génomique en cours et le taux de vaccination est faible », Michael Head, chercheur principal en santé mondiale à l’Université de Southampton, a déclaré à CNN lors d’un entretien téléphonique.

Essayer de retracer les origines d’Omicron peut être vain s’il est déjà en circulation depuis un certain temps.

Trevor Bedford, du département d’épidémiologie de l’Université de Washington, a déclaré sur Twitter que, sur la base d’analyses génomiques du Botswana et d’Afrique du Sud, « la variante Omicron est probablement apparue beaucoup plus tôt qu’à notre avis, probablement début octobre ».

Kristian G. Andersen, virologue au Andersen Lab en Californie, a adopté un point de vue similaire, tweetant : « Nous pouvons estimer cela sur la base de la diversité des génomes échantillonnés et la plupart des estimations atterrissent ~ mi-octobre (avec une grande incertitude), nous pensons donc que c’est relativement jeune. »

Une forte augmentation de la charge virale des eaux usées a également été détectée dans la région de Pretoria à la toute fin octobre et début novembre.

S’adressant mercredi à Becky Anderson de CNN, Michelle Groome de l’Institut sud-africain des maladies transmissibles a déclaré: « Notre surveillance des eaux usées nous a en fait alerté assez tôt sur ces cas dans le district de Pretoria. »

Mais les virologues reconnaissent avoir affaire pour le moment à des informations très préliminaires sur l’évolution et les caractéristiques d’Omicron.

Transmis par voyage

L’augmentation des infections début novembre a peut-être ouvert la voie aux nombreux cas désormais identifiés ailleurs. La plupart des cas internationaux suivis par CNN jusqu’à la fin novembre concernaient des personnes ayant voyagé depuis ou via l’Afrique du Sud ou depuis le Mozambique, le Malawi, le Botswana et la Namibie.

Par exemple, le 11 novembre, quatre étrangers quittant le Botswana ont été testés positifs pour le coronavirus – des tests qui plus tard (le 24 novembre, selon le ministère botswanais de la Santé) révéleraient la variante Omicron.

Le 11 novembre également, un homme de 36 ans de Hong Kong est rentré chez lui après un voyage de 20 jours en Afrique du Sud, via le Qatar. Deux jours plus tard, alors qu’il était en quarantaine, il a été testé positif. Le séquençage du génome a confirmé Omicron.

Plusieurs personnes qui ont voyagé chez elles en Europe ont ensuite infecté des membres de leur foyer, notamment en Allemagne et en Italie.

Une analyse de CNN des données accessibles au public montre qu’environ 90 % des infections à Omicron enregistrées jusqu’à présent en Europe concernaient des personnes ayant voyagé à travers ou depuis l’Afrique australe.

Cependant, le séquençage est dans de nombreux pays assez limité. Seul un très faible pourcentage des tests Covid font l’objet d’un séquençage, qui prend plus de temps qu’un simple test. Les données actuelles sous-estiment presque certainement la propagation de la variante.

Toutes les routes ne mènent pas à l’Afrique australe

Alors que certains voyageurs d’Afrique australe portaient certainement la variante, il existe d’autres cas déroutants. L’un concerne une femme belge qui avait voyagé en Egypte via la Turquie. Elle est arrivée chez elle le 11 novembre et a été testée positive pour la variante 10 jours plus tard.

Plusieurs cas confirmés au Canada sont liés à des voyageurs en provenance du Nigéria. Le cas identifié en Arabie saoudite le 1er décembre était celui d’un voyageur d’Afrique du Nord. Et un médecin israélien a été testé positif à son retour d’une conférence à Londres. Il n’était pas allé en Afrique du Sud.

Aucun des neuf cas signalés en Écosse au 30 novembre n’avait d’antécédents de voyage, et tous avaient assisté au même événement le 20 novembre. Le Premier ministre écossais Nicola Sturgeon a déclaré que « l’absence de tout voyage connu ou lien à l’étranger avec ces cas suggère est la transmission communautaire d’Omicron en Écosse. »

Elle a également déclaré qu’il était peu probable que les cas soient le résultat de la conférence sur le changement climatique COP26 qui s’est tenue à Glasgow du 31 octobre au 12 novembre.

Il devient maintenant clair que, quelle que soit la manière dont il a atteint l’Europe, Omicron était sur le continent pendant une grande partie du mois de novembre. Aux Pays-Bas, l’institut de santé RIVM a déclaré avoir trouvé Omicron dans des échantillons datant des 19 et 23 novembre – le plus ancien d’entre eux plus d’une semaine avant que les passagers d’un vol KLM en provenance de Johannesburg ne soient identifiés comme les premiers cas Omicron connus dans le pays. .

« Il n’est pas encore clair si les personnes concernées [in the earlier cases] ont également été en Afrique australe », a déclaré le RIVM mardi.

Il y a encore tant à découvrir sur la nouvelle variante du coronavirus – à quelle vitesse elle peut se propager, si elle peut échapper ou émousser les vaccins existants, si elle n’entraînera que des symptômes bénins pour la majorité des personnes infectées.

Pour l’instant, la variante Delta reste la souche dominante, représentant 99,8% des séquences mondiales téléchargées dans la base de données GISAID, selon le dernier bulletin de l’OMS.

Mais ce bulletin note également que « l’Afrique du Sud, où Omicron a été détecté pour la première fois, a récemment connu une forte augmentation du nombre de cas dans plusieurs provinces, coïncidant avec la détection de la variante Omicron ».

Au cours des quinze dernières semaines, l’Afrique du Sud est passée d’une moyenne hebdomadaire de 290 cas par jour à près de 3 800 cas quotidiens. Mercredi, les autorités ont signalé 8 561 nouveaux cas à l’échelle nationale. Les autorités ont déclaré que les trois quarts des tests positifs séquencés dans la province du Gauteng étaient Omicron.

« Nos cas augmentent très rapidement, je pense probablement au rythme le plus rapide que nous ayons vu depuis le début de la pandémie, mais on ne sait pas si cela est dû à une transmissibilité accrue de la variante omicron ou à une évasion immunitaire », a déclaré Michelle Groome. CNN.

Le directeur général de l’OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, a déclaré cette semaine que « Nous avons encore plus de questions que de réponses sur l’effet d’Omicron sur la transmission, la gravité de la maladie et l’efficacité des tests, des thérapies et des vaccins », a-t-il ajouté.

Mais les preuves émergentes – bien que préliminaires – indiquent qu’Omicron a une longueur d’avance. Le monde est encore aux prises avec une nouvelle variante du coronavirus qui s’est déjà propagée dans près de trente pays sur quatre continents.

Ghazi Balkiz de CNN a contribué à ce reportage depuis Johannesburg et Zeena Saifi depuis Abu Dhabi.

Quelques jours plus tard, le même phénomène a été signalé au département de pathologie moléculaire du Lancet à Johannesburg.

Le Dr Allison Glass, pathologiste au Lancet, a déclaré que la découverte coïncidait avec une augmentation des cas positifs de Covid-19 dans certaines parties de l’Afrique du Sud.

Dans la province du Gauteng, qui comprend Johannesburg, moins de 1% des personnes étaient testées positives début novembre, mais ce chiffre est passé à 6% en quinze jours et à 16% mercredi.

La découverte « a fait craindre une nouvelle vague », a déclaré Glass à CNN. « Notre première pensée a été : Voici notre calme de décembre et les vacances de Noël ».

Trois semaines plus tard, ce que les scientifiques sud-africains étaient tombés sur serait connu dans le monde entier sous le nom de variante Omicron du coronavirus.

Le pic de Gauteng n’est pas passé inaperçu au Network for Genomics Surveillance in South Africa (NGS-SA). Son directeur, Tulio de Oliveira, a convoqué une réunion pour le 23 novembre. Il a déclaré au New Yorker : « Un membre de notre réseau nous a dit qu’un laboratoire privé, Lancet Laboratories, avait envoyé six génomes d’un virus très muté. Et, lorsque nous avons examiné les génomes, nous nous sommes beaucoup inquiétés car ils ont découvert une défaillance de l’une des sondes lors du test PCR. »

Le CERI a rapidement intensifié les tests d’échantillons dans le Gauteng et a constaté que la variante apparaissait très fréquemment. Tulio a ensuite observé sur Twitter qu’en moins de deux semaines, la nouvelle variante « domine toutes les infections à la suite d’une vague Delta dévastatrice en Afrique du Sud ».

Origine un mystère

On ignore encore où et quand Omicron a émergé pour la première fois. Il n’y a pas de « Patient Zéro » identifiable, une première personne connue pour avoir été infectée par la variante.

Comme le directeur des Centres africains de contrôle et de prévention des maladies, John Nkengasong, a déclaré à CNN le 30 novembre : « Nous ne pouvons tout simplement pas évaluer d’où cela vient ».

« Les premiers cas ont été reconnus et identifiés au Botswana puis en Afrique du Sud », a déclaré Nkengasong. Mais il a souligné: « Identifier un virus, une nouvelle souche ou une nouvelle variante ne signifie pas qu’il vient de là. »

« Cela pourrait bien être la conséquence d’une épidémie, probablement dans certaines parties de l’Afrique subsaharienne, où il n’y a pas beaucoup de surveillance génomique en cours et le taux de vaccination est faible », Michael Head, chercheur principal en santé mondiale à l’Université de Southampton, a déclaré à CNN lors d’un entretien téléphonique.

Essayer de retracer les origines d’Omicron peut être vain s’il est déjà en circulation depuis un certain temps.

Trevor Bedford, du département d’épidémiologie de l’Université de Washington, a déclaré sur Twitter que, sur la base d’analyses génomiques du Botswana et d’Afrique du Sud, « la variante Omicron est probablement apparue beaucoup plus tôt qu’à notre avis, probablement début octobre ».

Kristian G. Andersen, virologue au Andersen Lab en Californie, a adopté un point de vue similaire, tweetant : « Nous pouvons estimer cela sur la base de la diversité des génomes échantillonnés et la plupart des estimations atterrissent ~ mi-octobre (avec une grande incertitude), nous pensons donc que c’est relativement jeune. »

Une forte augmentation de la charge virale des eaux usées a également été détectée dans la région de Pretoria à la toute fin octobre et début novembre.

S’adressant mercredi à Becky Anderson de CNN, Michelle Groome de l’Institut sud-africain des maladies transmissibles a déclaré: « Notre surveillance des eaux usées nous a en fait alerté assez tôt sur ces cas dans le district de Pretoria. »

Mais les virologues reconnaissent avoir affaire pour le moment à des informations très préliminaires sur l’évolution et les caractéristiques d’Omicron.

Transmis par voyage

L’augmentation des infections début novembre a peut-être ouvert la voie aux nombreux cas désormais identifiés ailleurs. La plupart des cas internationaux suivis par CNN jusqu’à la fin novembre concernaient des personnes ayant voyagé depuis ou via l’Afrique du Sud ou depuis le Mozambique, le Malawi, le Botswana et la Namibie.

Par exemple, le 11 novembre, quatre étrangers quittant le Botswana ont été testés positifs pour le coronavirus – des tests qui plus tard (le 24 novembre, selon le ministère botswanais de la Santé) révéleraient la variante Omicron.

Le 11 novembre également, un homme de 36 ans de Hong Kong est rentré chez lui après un voyage de 20 jours en Afrique du Sud, via le Qatar. Deux jours plus tard, alors qu’il était en quarantaine, il a été testé positif. Le séquençage du génome a confirmé Omicron.

Plusieurs personnes qui ont voyagé chez elles en Europe ont ensuite infecté des membres de leur foyer, notamment en Allemagne et en Italie.

Une analyse de CNN des données accessibles au public montre qu’environ 90 % des infections à Omicron enregistrées jusqu’à présent en Europe concernaient des personnes ayant voyagé à travers ou depuis l’Afrique australe.

Cependant, le séquençage est dans de nombreux pays assez limité. Seul un très faible pourcentage des tests Covid font l’objet d’un séquençage, qui prend plus de temps qu’un simple test. Les données actuelles sous-estiment presque certainement la propagation de la variante.

Toutes les routes ne mènent pas à l’Afrique australe

Alors que certains voyageurs d’Afrique australe portaient certainement la variante, il existe d’autres cas déroutants. L’un concerne une femme belge qui avait voyagé en Egypte via la Turquie. Elle est arrivée chez elle le 11 novembre et a été testée positive pour la variante 10 jours plus tard.

Plusieurs cas confirmés au Canada sont liés à des voyageurs en provenance du Nigéria. Le cas identifié en Arabie saoudite le 1er décembre était celui d’un voyageur d’Afrique du Nord. Et un médecin israélien a été testé positif à son retour d’une conférence à Londres. Il n’était pas allé en Afrique du Sud.

Aucun des neuf cas signalés en Écosse au 30 novembre n’avait d’antécédents de voyage, et tous avaient assisté au même événement le 20 novembre. Le Premier ministre écossais Nicola Sturgeon a déclaré que « l’absence de tout voyage connu ou lien à l’étranger avec ces cas suggère est la transmission communautaire d’Omicron en Écosse. »

Elle a également déclaré qu’il était peu probable que les cas soient le résultat de la conférence sur le changement climatique COP26 qui s’est tenue à Glasgow du 31 octobre au 12 novembre.

Il devient maintenant clair que, quelle que soit la manière dont il a atteint l’Europe, Omicron était sur le continent pendant une grande partie du mois de novembre. Aux Pays-Bas, l’institut de santé RIVM a déclaré avoir trouvé Omicron dans des échantillons datant des 19 et 23 novembre – le plus ancien d’entre eux plus d’une semaine avant que les passagers d’un vol KLM en provenance de Johannesburg ne soient identifiés comme les premiers cas Omicron connus dans le pays. .

« Il n’est pas encore clair si les personnes concernées [in the earlier cases] ont également été en Afrique australe », a déclaré le RIVM mardi.

Il y a encore tant à découvrir sur la nouvelle variante du coronavirus – à quelle vitesse elle peut se propager, si elle peut échapper ou émousser les vaccins existants, si elle n’entraînera que des symptômes bénins pour la majorité des personnes infectées.

Pour l’instant, la variante Delta reste la souche dominante, représentant 99,8% des séquences mondiales téléchargées dans la base de données GISAID, selon le dernier bulletin de l’OMS.

Mais ce bulletin note également que « l’Afrique du Sud, où Omicron a été détecté pour la première fois, a récemment connu une forte augmentation du nombre de cas dans plusieurs provinces, coïncidant avec la détection de la variante Omicron ».

Au cours des quinze dernières semaines, l’Afrique du Sud est passée d’une moyenne hebdomadaire de 290 cas par jour à près de 3 800 cas quotidiens. Mercredi, les autorités ont signalé 8 561 nouveaux cas à l’échelle nationale. Les autorités ont déclaré que les trois quarts des tests positifs séquencés dans la province du Gauteng étaient Omicron.

« Nos cas augmentent très rapidement, je pense probablement au rythme le plus rapide que nous ayons vu depuis le début de la pandémie, mais on ne sait pas si cela est dû à une transmissibilité accrue de la variante omicron ou à une évasion immunitaire », a déclaré Michelle Groome. CNN.

Le directeur général de l’OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, a déclaré cette semaine que « Nous avons encore plus de questions que de réponses sur l’effet d’Omicron sur la transmission, la gravité de la maladie et l’efficacité des tests, des thérapies et des vaccins », a-t-il ajouté.

Mais les preuves émergentes – bien que préliminaires – indiquent qu’Omicron a une longueur d’avance. Le monde est encore aux prises avec une nouvelle variante du coronavirus qui s’est déjà propagée dans près de trente pays sur quatre continents.

Ghazi Balkiz de CNN a contribué à ce reportage depuis Johannesburg et Zeena Saifi depuis Abu Dhabi.