Les experts disent que les variantes représentent probablement plus de la moitié des cas de COVID-19

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La Colombie-Britannique sous-estime considérablement les variantes préoccupantes, selon plusieurs épidémiologistes et analystes de données de premier plan, qui disent tous que ces souches hautement contagieuses représentent maintenant plus de la moitié des cas de COVID-19 dans la province.

Des diapositives internes du BC Center for Disease Control, divulguées à Postmedia News, montrent que les cas de variantes présumées représentaient au moins 40% de tous les cas positifs de COVID-19 au 27 mars. Bonnie Henry le 25 mars, lorsqu’elle a déclaré qu’environ 20% des cas positifs au COVID-19 étaient des variantes.

Aucun de ces chiffres ne tient compte de l’augmentation rapide des cas de variantes au cours du long week-end de Pâques, lorsque les cas de la variante P.1, identifiée pour la première fois au Brésil, ont presque doublé. La Colombie-Britannique a confirmé 877 cas de la variante P.1, le taux le plus élevé au Canada.

Henry a déclaré mardi que le B.1.1.7, la variante identifiée pour la première fois au Royaume-Uni, représentait actuellement environ un tiers des cas en Colombie-Britannique. La souche représente environ 60% des cas en Ontario, mais Henry s’attend à ce que la Colombie-Britannique atteigne ce taux dans environ un mois.

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Sarah Otto, professeure en biomathématique à l’Université de la Colombie-Britannique qui a effectué une modélisation pour calculer la propagation du COVID-19 et des variantes, a déclaré que sa modélisation actuelle montre que les variantes préoccupantes représentent désormais plus de 50% des cas positifs de COVID-19.

«Les chiffres publiés publiquement induisent le public en erreur en lui faisant croire qu’il n’y a pas beaucoup de cas actifs en ce moment de variantes alors qu’il y en a vraiment», a déclaré Otto.

Le BC Center for Disease Control (BCCDC) ne publie que des données sur les variantes confirmées par le séquençage du génome. Les variantes préoccupantes sont confirmées à l’aide de deux types de tests. Environ 90% de tous les cas positifs au COVID-19 sont soumis à un test de dépistage par PCR. Ce test peut détecter des variantes mais ne spécifie pas quelle variante. Cela est confirmé par le séquençage du génome entier, un processus plus complexe qui peut prendre plusieurs jours ou jusqu’à une semaine. Le BCCDC n’a pas révélé quel pourcentage de cas de variantes présumées identifiés par des tests PCR sont analysés par séquençage du génome.

Otto a déclaré que le public devrait recevoir le nombre le plus récent de cas de variantes actives confirmés par le dépistage par PCR, ce qui est courant dans d’autres provinces comme l’Ontario. Il y a eu des inquiétudes concernant les faux positifs, a déclaré Otto, mais on estime que ce pourcentage est d’environ 1%.

Henry a déclaré mardi que «tous les (cas) qui sont actuellement positifs aux tests de dépistage sont soumis à un séquençage complet du génome.» Cependant, on ne sait pas si cela a toujours été le cas. Elle a également reconnu qu’il y avait un délai avant que le séquençage du génome ne confirme la présence d’un variant spécifique.

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Henry a déclaré que compte tenu de la prévalence du B.1.1.7, la Colombie-Britannique envisage de ne sélectionner que cette variante et «d’économiser toute la capacité de séquençage du génome pour pouvoir effectuer des tests plus systématiques et non biaisés d’échantillons aléatoires, car nous n’avons qu’une capacité limitée par semaine. « 

Lorsqu’on lui a demandé si la Colombie-Britannique pouvait publier des tests préliminaires de dépistage par PCR avant le séquençage du génome, Henry a déclaré: «Nous pouvons le faire. Cependant, elle s’est inquiétée du fait que les données de dépistage pourraient donner un «nombre exagéré de celles qui ne sont pas nécessairement des variantes qui nous inquiètent».

Mardi, la Colombie-Britannique a enregistré 1 068 nouveaux cas de COVID, y compris 207 variantes préoccupantes, dont toutes sauf une ont été détectées dans la région de Vancouver Coastal Health. Sur les 3 766 cas de variantes au total trouvés en Colombie-Britannique à ce jour, 266 sont des cas actifs, ce qui, selon Henry, représente environ 3% des 8 671 cas actifs de la Colombie-Britannique.

Cependant, Jens von Bergmann, spécialiste des données basé à Vancouver, a déclaré qu’en raison du délai d’une semaine dans la confirmation des cas de variantes par le séquençage du génome, la comparaison des cas de variantes actives aux cas de COVID-19 actifs, généralement confirmés dans les 24 heures, n’est pas un reflet précis de la situation actuelle.

«Bien sûr, il y aura moins (de variantes) actives, donc ce n’est pas une bonne mesure étant donné les retards (du séquençage du génome)», a déclaré von Bergmann, fondateur de la société d’analyse de données MountainMath. « Vous comparez quelque chose qui retarde d’une semaine en moyenne à quelque chose qui est retardé d’environ un jour. »

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Caroline Colijn, titulaire d’une chaire de recherche Canada 150 en mathématiques pour l’évolution, l’infection et la santé publique de l’Université Simon Fraser, a déclaré que les projections de modélisation montrent que si le statu quo se poursuit sans aucune restriction supplémentaire introduite, la Colombie-Britannique pourrait voir plus de 3000 cas quotidiens d’ici la fin de Avril. Les variantes préoccupantes augmentent «de façon exponentielle», doublant tous les huit jours, a-t-elle déclaré.

Alors que les cas réguliers de COVID-19 diminuent et que les variantes préoccupantes prennent le dessus, Colijn a déclaré qu’il pourrait s’écouler quelques semaines avant que les cas de variantes atteignent près de 90% du total des cas.

On pense que le variant P.1 est jusqu’à 2 1/2 fois plus transmissible que les souches antérieures du coronavirus. Les experts brésiliens ont averti que les jeunes ne sont pas seulement plus susceptibles d’être infectés, mais aussi plus susceptibles de mourir. Il y a aussi une certaine inquiétude, a déclaré Colijn, que la variante P.1 est meilleure pour éviter l’immunité naturelle, ce qui signifie que les personnes qui ont déjà contracté le COVID-19 ou reçu le vaccin pourraient être à nouveau infectées.

Henry a déclaré que les responsables de la santé publique surveillaient de près tout indicateur indiquant que les variantes sont résistantes au vaccin, mais il n’y a eu aucune preuve de cela jusqu’à présent.

Henry a déclaré que les variantes entraînaient également plus d’hospitalisations, en particulier chez les jeunes adultes. Sur les 328 personnes hospitalisées, 63 sont infectées par des variantes préoccupantes.

À la fin du mois de mars, une équipe de chercheurs de l’hôpital Saint-Paul a mis au point une nouvelle méthode pour identifier rapidement les variantes préoccupantes du COVID-19 qui a détecté un groupe de plus de 215 cas de variantes P.1, ce qui a plus que doublé le nombre de ces cas dans le Province. On ne sait pas si le BCCDC utilise la même technologie rapide pour identifier les variantes plus rapidement que le séquençage du génome ne le permet.

Colijn a déclaré que si les gens avaient des informations plus à jour sur la prévalence des variantes préoccupantes, ils pourraient être moins susceptibles de faire fi des directives de santé publique.

«L’intérêt public est que si les gens comprennent mieux le risque, ils peuvent prendre de meilleures décisions», a-t-elle déclaré.

– Avec des fichiers de Nathan Griffiths

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