Le projet de loi fédéral sur le COVID élargirait les capacités de détection des mutations du coronavirus


Les scientifiques américains gagneraient des capacités considérablement étendues pour identifier des mutations potentiellement mortelles du coronavirus en vertu de la législation de secours COVID-19 en cours d’avancement au Congrès.

Les États-Unis ne cartographient désormais que la composition génétique d’une infime fraction d’échantillons de virus positifs, une situation que certains experts assimilent à un vol à l’aveugle. Cela signifie que la véritable propagation domestique des mutations problématiques identifiées pour la première fois au Royaume-Uni et en Afrique du Sud reste une question de conjectures.

Une telle ignorance pourrait s’avérer coûteuse. Une préoccupation est que des formes plus transmissibles telles que la variante britannique pourraient se déplacer plus rapidement que la capacité du pays à faire entrer le vaccin dans les bras des Américains.

«Vous avez un petit nombre de laboratoires universitaires et de santé publique qui effectuent essentiellement la surveillance génomique», a déclaré David O’Connor, chercheur sur le sida à l’Université du Wisconsin. « Mais il n’y a pas de cohérence nationale dans la stratégie. »

Les Centers for Disease Control and Prevention essaient de guider ces efforts, en s’alignant sur le travail de détection avancé du gouvernement, mais la législation COVID-19 porterait la chasse à un autre niveau.

Un projet de loi autorisé pour un débat au sol la semaine dernière par le comité de l’énergie et du commerce de la Chambre fournirait 1,75 milliard de dollars pour le séquençage génomique. Il appelle le CDC à organiser un réseau national pour utiliser la technologie pour suivre la propagation des mutations et guider les contre-mesures de santé publique.

Au Sénat, la démocrate du Wisconsin Tammy Baldwin a présenté un projet de loi qui fournirait 2 milliards de dollars. Baldwin dit que les États-Unis devraient utiliser la technologie de cartographie génétique pour analyser au moins 15% des échantillons de virus positifs. Cela peut ne pas sembler beaucoup, mais le taux actuel serait de 0,3% à 0,5%. L’analyse de 15% des échantillons positifs augmenterait la surveillance d’au moins 30 fois.

«Les variantes représentent une menace croissante», a déclaré Baldwin. «Au début de la pandémie de COVID-19, l’augmentation de notre capacité de test était essentielle à notre capacité à suivre et ralentir la propagation du virus – il en va de même pour trouver et suivre ces variantes.»

Le séquençage génomique consiste essentiellement à cartographier l’ADN d’un organisme, clé de ses caractéristiques uniques. C’est fait par des machines de haute technologie qui peuvent coûter de plusieurs centaines de milliers de dollars à 1 million de dollars ou plus. Les techniciens formés pour faire fonctionner les machines et la capacité de calcul pour prendre en charge l’ensemble du processus augmentent les coûts.

Dans le cas de la variante britannique détectée pour la première fois en Angleterre, les changements dans le virus lui ont permis de se propager plus facilement et sont également soupçonnés de causer une maladie COVID-19 plus mortelle. L’Institute for Health Metrics and Evaluation de Seattle rapporte que la transmission de la variante britannique a été confirmée dans au moins 10 États américains. Le directeur du CDC, le Dr Rochelle Walensky, a déclaré mardi aux gouverneurs qu’il pourrait devenir dominant d’ici la fin du mois de mars.

Le séquençage de 0,3% à 0,5% des échantillons de virus, comme le font actuellement les États-Unis, «ne nous donne tout simplement pas la possibilité de détecter les souches à mesure qu’elles se développent et deviennent dominantes», a déclaré le Dr Phil Febbo, médecin-chef d’Illumina, un Société basée à San Diego qui développe des technologies de séquençage génomique.

L’administration Biden doit «fixer un objectif très clair», a-t-il ajouté. «Quelle est la colline que nous allons charger?»

«Nous avons besoin de ces données. Sinon, à certains égards, nous volons à l’aveugle », a déclaré Esther Krofah, qui dirige l’initiative FasterCures du Milken Institute. «Nous ne comprenons pas la prévalence des mutations dont nous devrions nous inquiéter aux États-Unis»

Encore plus inquiétant que la variante britannique est une souche détectée pour la première fois en Afrique du Sud que les scientifiques soupçonnent qu’elle pourrait diminuer l’effet protecteur de certains des vaccins contre les coronavirus. Cette variante a également été identifiée aux États-Unis dans un nombre limité de cas.

Le coordinateur des coronavirus de la Maison Blanche, Jeff Zients, a qualifié le suivi américain des mutations virales de «totalement inacceptable», affirmant que la nation se classe au 43e rang mondial. Mais l’administration Biden n’a pas fixé d’objectif pour le niveau de cartographie des gènes viraux que le pays devrait viser.

À l’Université du Wisconsin, le spécialiste du sida O’Connor a déclaré que ses collègues et lui avaient commencé à séquencer des échantillons de coronavirus de la région de Madison «parce que c’est là que nous vivons».

Son collègue, l’expert en virologie Thomas Friedrich, a déclaré qu’un effort national nécessiterait plus que de l’argent pour acheter de nouvelles machines de séquençage génomique. Le CDC devra définir des normes pour les responsables de la santé publique et les instituts de recherche universitaires afin de partager pleinement les informations qu’ils glanent en analysant des échantillons de virus. Actuellement, il existe un méli-mélo de réglementations et de pratiques étatiques, et certaines d’entre elles restreignent l’accès aux détails clés.

«Nous devons considérer cela comme un projet Manhattan ou un programme Apollo», a déclaré Friedrich, invoquant les efforts scientifiques dirigés par le gouvernement qui ont développé la bombe atomique et atterri des hommes sur la lune.

Le Royaume-Uni a pu identifier sa variante parce que le système de santé national y dispose d’un programme coordonné de cartographie génétique qui vise à séquencer environ 10% des échantillons, a-t-il ajouté. Depuis que cela s’est produit, le séquençage génétique est devenu plus urgent de ce côté de l’océan Atlantique.

«L’utilité de faire cela n’a peut-être pas été aussi évidente pour autant de personnes jusqu’à ce que ces variantes aient commencé à apparaître», a déclaré Friedrich.

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