Des scientifiques créent des xénobots capables de se reproduire


Pour persister, la vie doit se reproduire. Au cours de milliards d’années, les organismes ont évolué de nombreuses façons de se répliquer, des plantes bourgeonnantes aux animaux sexués en passant par les virus envahissants.

Aujourd’hui, des scientifiques de l’Université du Vermont, de l’Université Tufts et du Wyss Institute for Biologically Inspired Engineering de l’Université Harvard ont découvert une toute nouvelle forme de reproduction biologique et ont appliqué leur découverte pour créer les tout premiers robots vivants auto-répliquants.

La même équipe qui a construit les premiers robots vivants (« Xenobots », assemblés à partir de cellules de grenouilles – signalés en 2020) a découvert que ces organismes conçus par ordinateur et assemblés à la main peuvent nager dans leur petit plat, trouver des cellules individuelles, rassembler des centaines de les ensemble et assembler des « bébés » Xenobots à l’intérieur de leur « bouche » en forme de Pac-Man, qui, quelques jours plus tard, deviennent de nouveaux Xenobots qui se ressemblent et se déplacent comme eux.

Et puis ces nouveaux Xenobots peuvent sortir, trouver des cellules et construire des copies d’eux-mêmes. Encore et encore.

« Avec la bonne conception, ils se répliqueront spontanément », explique Joshua Bongard, Ph.D., informaticien et expert en robotique à l’Université du Vermont qui a codirigé la nouvelle recherche.

Les résultats de la nouvelle recherche ont été publiés le 29 novembre 2021 dans le Actes de l’Académie nationale des sciences.

Dans l’inconnu


Dans un Xenopus laevis grenouille, ces cellules embryonnaires se transformeraient en peau. « Ils seraient assis à l’extérieur d’un têtard, empêchant les agents pathogènes d’entrer et redistribuant le mucus », explique Michael Levin, Ph.D., professeur de biologie et directeur du Allen Discovery Center de l’Université Tufts et co-leader du nouveau recherche. « Mais nous les plaçons dans un nouveau contexte. Nous leur donnons une chance de réimaginer leur multicellularité. Levin est également membre associé du corps professoral du Wyss Institute.

Et ce qu’ils imaginent est quelque chose de bien différent de la peau. « Les gens pensent depuis assez longtemps que nous avons élaboré toutes les façons dont la vie peut se reproduire ou se répliquer. Mais c’est quelque chose qui n’a jamais été observé auparavant », déclare le co-auteur Douglas Blackiston, Ph.D., scientifique principal à l’Université Tufts et au Wyss Institute qui a réuni les « parents » Xenobot et développé la partie biologique de la nouvelle étude.

« C’est profond », dit Levin. « Ces cellules ont le génome d’une grenouille, mais, libérées du devenir des têtards, elles utilisent leur intelligence collective, une plasticité, pour faire quelque chose d’étonnant. » Lors d’expériences antérieures, les scientifiques étaient étonnés que les Xenobots puissent être conçus pour accomplir des tâches simples. Maintenant, ils sont stupéfaits que ces objets biologiques – une collection de cellules conçue par ordinateur – se répliquent spontanément. « Nous avons le génome de la grenouille complet et non modifié », explique Levin, « mais cela n’a donné aucune indication que ces cellules peuvent travailler ensemble sur cette nouvelle tâche », consistant à rassembler puis à compresser des cellules séparées en autocopies fonctionnelles.

«Ce sont des cellules de grenouilles qui se répliquent d’une manière très différente de la façon dont les grenouilles le font. Aucun animal ou plante connu de la science ne se réplique de cette manière », déclare Sam Kriegman, Ph.D., auteur principal de la nouvelle étude, qui a terminé son doctorat. dans le laboratoire de Bongard à l’UVM et est maintenant chercheur post-doctoral au Tuft’s Allen Center et au Wyss Institute for Biologically Inspired Engineering de l’Université Harvard.

À lui seul, le parent Xenobot, composé de quelque 3 000 cellules, forme une sphère. « Ceux-ci peuvent faire des enfants, mais le système s’éteint normalement après cela. Il est en fait très difficile de faire en sorte que le système continue de se reproduire », explique Kriegman. Mais avec un programme d’intelligence artificielle travaillant sur le cluster de superordinateurs Deep Green du Vermont Advanced Computing Core d’UVM, un algorithme évolutionnaire a pu tester des milliards de formes corporelles en simulation (triangles, carrés, pyramides, étoiles de mer) pour trouver celles qui permettaient aux cellules de être plus efficace à la réplication « cinématique » basée sur le mouvement rapportée dans la nouvelle recherche.

« Nous avons demandé au superordinateur de l’UVM de déterminer comment ajuster la forme des parents initiaux, et l’IA a proposé des conceptions étranges après des mois de travail, dont une qui ressemblait à Pac-Man », explique Kriegman. « C’est très peu intuitif. Cela a l’air très simple, mais ce n’est pas quelque chose qu’un ingénieur humain pourrait proposer. Pourquoi une toute petite bouche ? Pourquoi pas cinq ? Nous avons envoyé les résultats à Doug et il a construit ces Xenobots parent en forme de Pac-Man. Ensuite, ces parents ont construit des enfants, qui ont construit des petits-enfants, qui ont construit des arrière-petits-enfants, qui ont construit des arrière-arrière-petits-enfants. » En d’autres termes, la bonne conception a considérablement étendu le nombre de générations.

La réplication cinématique est bien connue au niveau des molécules, mais elle n’a jamais été observée auparavant à l’échelle de cellules entières ou d’organismes.

« Nous avons découvert qu’il existe cet espace auparavant inconnu au sein des organismes ou des systèmes vivants, et c’est un vaste espace », explique Bongard. « Comment allons-nous alors explorer cet espace ? Nous avons trouvé des Xenobots qui marchent. Nous avons trouvé des Xenobots qui nagent. Et maintenant, dans cette étude, nous avons trouvé des Xenobots qui se répliquent cinématiquement. Qu’y a-t-il d’autre là-bas ? »

Ou, comme l’écrivent les scientifiques dans le Actes de l’Académie nationale des sciences étude : « la vie recèle des comportements surprenants juste sous la surface, attendant d’être découverts. »

Répondre au risque


Certaines personnes peuvent trouver cela exaltant. D’autres peuvent réagir avec inquiétude, voire terreur, à l’idée d’une biotechnologie auto-réplicable. Pour l’équipe de scientifiques, l’objectif est d’approfondir la compréhension.

« Nous travaillons pour comprendre cette propriété : la réplication. Le monde et les technologies évoluent rapidement. Il est important, pour la société dans son ensemble, d’étudier et de comprendre comment cela fonctionne », déclare Bongard. Ces machines vivantes de la taille d’un millimètre, entièrement contenues dans un laboratoire, facilement éteintes et vérifiées par des experts en éthique fédéraux, étatiques et institutionnels, « ne sont pas ce qui me tient éveillé la nuit. Ce qui présente un risque, c’est la prochaine pandémie; l’accélération des dommages causés aux écosystèmes par la pollution ; l’intensification des menaces du changement climatique », déclare Bongard de l’UVM. « C’est un système idéal pour étudier les systèmes auto-répliquants. Nous avons un impératif moral de comprendre les conditions dans lesquelles nous pouvons le contrôler, le diriger, l’éteindre, l’exagérer.

Bongard pointe du doigt l’épidémie de COVID et la recherche d’un vaccin. « La vitesse à laquelle nous pouvons produire des solutions est très importante. Si nous pouvons développer des technologies, en apprenant des Xenobots, où nous pouvons rapidement dire à l’IA : « Nous avons besoin d’un outil biologique qui fait X et Y et supprime Z », cela pourrait être très bénéfique. Aujourd’hui, cela prend beaucoup de temps. L’équipe vise à accélérer la vitesse à laquelle les gens peuvent passer de l’identification d’un problème à la génération de solutions, « comme le déploiement de machines vivantes pour retirer les microplastiques des cours d’eau ou créer de nouveaux médicaments », explique Bongard.

« Nous devons créer des solutions technologiques qui évoluent au même rythme que les défis auxquels nous sommes confrontés », déclare Bongard.

Et l’équipe voit des promesses dans la recherche d’avancées vers la médecine régénérative. « Si nous savions comment dire aux collections de cellules de faire ce que nous voulions qu’elles fassent, en fin de compte, c’est la médecine régénérative, c’est la solution aux blessures traumatiques, aux malformations congénitales, au cancer et au vieillissement », explique Levin. « Tous ces différents problèmes sont là parce que nous ne savons pas comment prédire et contrôler quels groupes de cellules vont se construire. Les Xenobots sont une nouvelle plate-forme pour nous enseigner.

Référence: Kriegman S, Blackiston D, Levin M, Bongard J. Auto-réplication cinématique dans les organismes reconfigurables. Proc Natl Acad Sci USA. 2021;118(49):e2112672118. doi: 10.1073/pnas.2112672118.

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