Covid est endémique parmi les cerfs, selon la recherche

Les humains ont infecté des cerfs sauvages avec Covid-19 dans une poignée d’États américains et il existe des preuves que le virus s’est propagé entre les cerfs, selon des études récentes, qui décrivent des résultats qui pourraient compliquer la sortie de la pandémie.

Les scientifiques ont tamponné les narines de cerfs de Virginie dans l’Ohio et ont trouvé des preuves d’au moins six fois différentes que les humains ont propagé le coronavirus aux cerfs, selon une étude publiée la semaine dernière dans Nature.

Environ un tiers des cerfs échantillonnés avaient une infection active ou récente, selon l’étude. Des recherches similaires dans l’Iowa sur des tissus provenant de la route et des cerfs chassés ont trouvé des preuves généralisées du virus.

La recherche suggère que le coronavirus pourrait s’installer dans une espèce en liberté qui compte environ 30 millions de personnes aux États-Unis. Aucun cas de propagation de Covid du cerf à l’homme n’a été signalé, mais c’est possible, selon les scientifiques.

C’est un rappel que la santé humaine est étroitement liée à celle des animaux et que l’inattention envers les autres espèces pourrait prolonger la pandémie et compliquer la quête pour contrôler le Covid.

Une circulation généralisée et soutenue du virus chez les cerfs pourrait représenter un risque pour les humains si des mutations chez les cerfs créaient une nouvelle variante. Une population d’animaux sauvages hébergeant le virus pourrait également conserver des variantes qui ne circulent plus parmi les humains actuellement, et leur permettre de revenir plus tard.

« La simple possibilité que ces choses se produisent et que ce soit inconnu rend cela très troublant », a déclaré Suresh Kuchipudi, virologue à l’Université d’État de Pennsylvanie. « Nous pourrions être pris par surprise avec une variante complètement différente. »

Au début de la pandémie, les scientifiques craignaient que le virus ne passe de l’homme à d’autres animaux. Une étude a trouvé de nombreux mammifères avec des récepteurs qui pourraient permettre au virus de se lier dans leurs cellules, avec des cerfs parmi ceux à haut risque.

Ils ont commencé à enquêter.

Tout d’abord, dans une étude en laboratoire, les chercheurs ont aspergé le nez de quatre faons de coronavirus infectieux pour tester si le virus pouvait les infecter. Ils ont également amené deux cerfs non infectés dans la même pièce, les gardant séparés par une barrière en plexiglas qui n’atteignait pas le plafond.

« Nous avons eu quatre animaux inoculés et deux animaux de contact. Tout le monde a été infecté et a excrété des quantités importantes de virus infectieux. C’était une surprise », a déclaré Diego Diel, professeur agrégé de virologie à l’Université Cornell, qui a aidé à diriger la recherche.

Le cerf a probablement partagé le virus par le biais de sécrétions nasales qui ont traversé la barrière par voie aérienne, a-t-il déclaré. Le cerf infecté ne présentait pas de symptômes notables.

Les cerfs voyagent souvent en troupeaux et touchent le nez, ce qui fait de la transmission un problème.

Ainsi, des scientifiques fédéraux ont testé des échantillons de sang de cerfs sauvages dans l’Illinois, le Michigan, New York et la Pennsylvanie. Ils ont finalement testé 624 échantillons, constatant qu’environ 40% des échantillons collectés en 2021 avaient des anticorps suggérant une infection passée.

Les dernières études fournissent des preuves d’une infection active et récente.

Dans l’étude évaluée par des pairs de l’Ohio State University, 360 cerfs en liberté ont subi des écouvillonnages nasaux, avec 35,8% de tests positifs. Les chercheurs ont pu cultiver le virus pour deux échantillons, ce qui signifie qu’ils pouvaient cultiver un virus vivant.

Et après avoir examiné les relations génétiques entre les virus de 14 cerfs, « nous avons des preuves que la transmission de cerf à cerf se produit », a déclaré Andrew Bowman, professeur agrégé au département de médecine vétérinaire préventive de l’Ohio State University, et auteur du étudier. Les chercheurs ont découvert six mutations chez le cerf qui sont rares chez les humains.

Une étude de préimpression dirigée par Kuchipudi à Penn State a trouvé le coronavirus dans les ganglions lymphatiques de 94 des 283 cerfs chassés ou tués par des véhicules dans l’Iowa en 2020.

Les deux études suggèrent que le virus s’est propagé des humains aux cerfs à plusieurs endroits et à plusieurs reprises. Les génomes viraux communs circulant chez l’homme à l’époque circulaient également chez le cerf, selon les études.

Les chercheurs ne peuvent pas dire avec certitude comment les cerfs sont infectés ou si le virus persistera dans l’espèce. Les cerfs – omniprésents dans de nombreuses communautés américaines – sont parmi les grands mammifères les plus abondants aux États-Unis

« S’ils maintiennent le virus, c’est un tout autre hôte que nous devons rechercher de futures variantes pour évaluer si les vaccins actuels seront affectés et comment nous devons contrôler la propagation », a déclaré Bowman. « Cela complique considérablement les choses.

Si le virus s’établit à long terme, les scientifiques affirment qu’il présente plusieurs risques potentiels.

La circulation chez les cerfs pourrait permettre à des variantes qui n’infectent plus les humains – comme la variante alpha, par exemple – de continuer à faire du vélo chez les animaux. Cela donnerait à ces variétés le potentiel de se réintroduire plus tard auprès des gens, a déclaré Kuchipudi.

Dans un autre scénario, une transmission généralisée pourrait permettre au virus d’accumuler des mutations chez les cerfs et d’évoluer différemment, avant de se propager à des personnes présentant de nouvelles caractéristiques.

C’est ce qui s’est passé dans les élevages de visons néerlandais en 2020. Après que le virus se soit propagé des humains aux visons, il est revenu infecter les humains et avait de nouvelles mutations.

La variante en vison montre que « les retombées sont possibles », a déclaré Diel.

Si les cerfs sont des hôtes du coronavirus, ils pourraient également transmettre le virus à d’autres animaux.

« Chaque fois que le virus saute dans une espèce différente, cela pourrait conduire à une adaptation », a déclaré Kuchipudi.

Et dans un scénario que certains scientifiques considèrent comme peu probable, le virus pourrait se recombiner avec d’autres coronavirus déjà établis chez le cerf pour créer un virus hybride.

« Il existe des coronavirus endémiques chez les animaux, certains que nous connaissons et beaucoup que nous ne connaissons pas », a déclaré Kuchipudi. « La recombinaison pourrait donner naissance à une variante complètement différente qui peut être très différente du virus parent et qui pourrait avoir des capacités modifiées. »

Ce sont des préoccupations à long terme si le cerf est, en fait, un hôte permanent. Jusqu’à présent, les chercheurs n’ont pas trouvé le virus se déplaçant des cerfs aux humains ou découvert une nouvelle variante chez les cerfs seuls.

« Le plus grand risque pour les personnes reste la transmission du virus de personne à personne », a déclaré Tom DeLiberto, directeur adjoint du National Wildlife Research Center, qui aide à diriger les efforts fédéraux pour identifier le coronavirus dans la faune. «Est-ce que cela pourrait changer plus tard? Absolument, et c’est pourquoi nous faisons ces choses pour comprendre ce qui arrive aux cerfs.

L’American Rescue Plan Act a fourni 6 millions de dollars aux chercheurs pour étudier le coronavirus chez le cerf de Virginie. DeLiberto a déclaré que les chercheurs recherchaient le virus parmi les cerfs dans 30 États.

Séparément, les scientifiques collectent des échantillons de sang d’autres animaux tels que les coyotes, les mouffettes et les ratons laveurs pour voir si l’une de ces créatures a des anticorps.

« Si nous laissons le virus continuer à circuler parmi les humains, nous mettons non seulement en danger le secteur vulnérable de notre population, mais nous pourrions également mettre nos animaux et notre environnement en danger », a déclaré Kuchipudi.