Ce que les scientifiques observent pendant la pandémie de Covid
La variante delta du coronavirus, désormais la souche la plus courante circulant aux États-Unis, fait augmenter les cas de Covid-19 à travers le pays. La clé de la domination de la variante est sa transmissibilité suralimentée, due en partie au comportement du virus muté dans le corps après l’infection.
La variante delta est considérée comme la plus contagieuse de toutes les variantes connues à ce jour, les recherches suggérant qu’elle est plus de deux fois plus transmissible que la souche originale du coronavirus. Selon les experts, ce qui distingue delta, c’est la quantité de virus produite par les personnes infectées – une mesure connue sous le nom de charge virale.
« Nous avons vu grâce à des tests que les personnes infectées par la variante delta ont plus de virus dans leurs échantillons que les personnes qui avaient un autre sous-type du virus », a déclaré Susan Butler-Wu, microbiologiste clinique à l’Université de Californie du Sud. « C’est une grande partie de ce qui va expliquer cette transmissibilité améliorée. »
La charge virale est un terme qui fait référence à la quantité de virus présente dans le corps. Une étude menée par des chercheurs chinois qui n’a pas encore été évaluée par des pairs a révélé que les personnes infectées par la variante delta avaient des charges virales jusqu’à 1 260 fois plus élevées que les charges virales des personnes infectées par la souche d’origine qui circulait en 2020.
La recherche est en cours, mais les résultats, qui ont été publiés le 12 juillet sur le serveur de préimpression MedRxiv, aident à expliquer pourquoi la variante delta a été liée à de grands clusters d’infection et comment elle s’est propagée si rapidement dans le monde.
« Les patients dont la charge virale est plus élevée sont plus susceptibles de transmettre le virus à d’autres personnes », a déclaré le Dr Randall Olsen, directeur médical du laboratoire de diagnostic moléculaire de l’hôpital méthodiste de Houston. « De plus, plus la charge virale est élevée, plus le patient est généralement malade. »
Les charges virales significativement plus élevées observées par les scientifiques chinois semblent soutenir d’autres recherches axées sur la transmissibilité accrue de la variante delta. Les responsables de la santé publique au Royaume-Uni, où la variante delta a alimenté une nouvelle vague d’infections début juin, ont déclaré que la variante pourrait être 40 à 60% plus contagieuse que la variante alpha, qui était auparavant la souche dominante.
Une façon d’estimer la charge virale par le biais de tests consiste à examiner ce que l’on appelle les valeurs de seuil de cycle, ou Ct. Les tests les plus précis consistent à prélever un échantillon du nez ou de la partie supérieure de la gorge avec un écouvillon. Les tests utilisent une méthode appelée réaction en chaîne par polymérase, ou PCR, pour détecter le matériel génétique – des morceaux d’ARN viral – qui sont présents dans le corps lorsque le virus est actif.
Dans un laboratoire, l’échantillon collecté subit plusieurs cycles d’un processus appelé amplification. Cela implique de faire des millions de copies d’un morceau du matériel génétique du virus afin que même une petite quantité de virus puisse être détectée si elle est présente dans l’échantillon. Les scientifiques peuvent répéter ce processus jusqu’à 40 cycles par test. La valeur Ct fait référence au numéro de cycle où un échantillon passe du négatif au positif.
« C’est une relation inverse, donc un faible Ct signifie qu’il y a beaucoup de virus et que vous pouvez obtenir un résultat positif plus tôt dans le test », a déclaré Olsen.
En tant que telles, les valeurs Ct ont parfois été utilisées comme indicateur de la charge virale et de la transmissibilité, mais Butler-Wu a déclaré que ce n’était pas une jauge précise.
« Il n’y a pas de test d’infectiosité pour Covid », a-t-elle déclaré. « Le problème est que la discussion autour des valeurs Ct a été très simplifiée. »
Dans un document interne qui a fuité la semaine dernière des Centers for Disease Control and Prevention, l’agence a présenté des données, dont certaines étaient préliminaires, sur la variante delta et les cas où des individus entièrement vaccinés ont été infectés. L’enquête du CDC a examiné les infections delta chez les personnes vaccinées et non vaccinées et a constaté que les valeurs de Ct des échantillons étaient similaires pour les deux groupes.
La présentation interne du CDC a conclu que « les infections révolutionnaires peuvent être aussi transmissibles que les cas non vaccinés ».
Mais les gens ne devraient pas déduire l’infectiosité d’une valeur Ct, a déclaré le Dr Krutika Kuppalli, médecin spécialiste des maladies infectieuses et professeur adjoint à l’Université médicale de Caroline du Sud.
« Il existe une relation entre les valeurs Ct et la quantité de virus dans l’échantillon, mais elles ne sont pas toujours équivalentes », a-t-elle déclaré. « En d’autres termes, vous pouvez corréler une valeur Ct avec la charge virale, mais pas toujours. »
C’est parce que la qualité d’un échantillon peut affecter les valeurs de Ct, en plus du moment où une personne a été testée au cours de son infection, a déclaré Butler-Wu.
« Tant de choses varient et peuvent avoir un impact sur une valeur Ct, donc tout ce que nous pouvons dire en toute sécurité, c’est qu’il s’agit d’un instantané dans le temps », a déclaré Butler-Wu.
Alors que les résultats du CDC indiquent que les personnes vaccinées infectées par la variante delta peuvent être en mesure de propager le virus aussi facilement que les personnes non vaccinées, il a été démontré que les vaccins protègent la grande majorité des infections révolutionnaires contre les maladies graves, l’hospitalisation et la mort.
Mais au-delà des valeurs Ct, des études ont trouvé des caractéristiques du delta et de la maladie qu’il provoque qui suggèrent que cette variante appartient à une catégorie à part.
Les chercheurs chinois qui ont étudié les charges virales chez les personnes infectées par la variante delta ont également observé que la période d’incubation avec les patients delta était plus courte que celle de la souche d’origine. Avec les variantes précédentes, le virus était détectable chez les individus infectés en moyenne six jours après l’exposition, mais avec la variante delta, cette fenêtre a été réduite à quatre jours.
Le changement de période d’incubation pourrait indiquer que la variante delta est mieux à même d’envahir les cellules et peut se répliquer plus rapidement que les variantes précédentes, ce qui peut aider le virus à se propager. La fenêtre plus courte rend également la recherche des contacts encore plus difficile pour les services de santé publique qui sont déjà surchargés.
Des recherches supplémentaires sont nécessaires, mais il existe également des indications que la variante delta peut provoquer une maladie plus grave. Une étude publiée le 14 juin dans la revue The Lancet a examiné l’impact de la variante delta en Écosse, où elle était la souche dominante. Les chercheurs ont découvert que le risque d’hospitalisation à cause de Covid-19 était à peu près doublé pour les patients infectés par le delta, par rapport aux personnes infectées par la variante alpha, qui était auparavant la souche dominante dans le monde.
Pourtant, les experts disent qu’il y a beaucoup à apprendre sur la variante delta hautement contagieuse, y compris comment elle affecte les enfants et si elle provoque des symptômes à long terme plus graves. La gravité des épidémies provoquées par le delta renforce la nécessité pour les gens de se faire vacciner et de doubler les mesures d’atténuation pour ralentir la propagation du virus, a déclaré Olsen.
« Nous devons continuer à insister sur le fait que les gens doivent se faire vacciner s’ils ne l’ont pas déjà fait », a-t-il déclaré. « C’est ainsi que nous allons nous protéger, et c’est finalement ainsi que nous sortirons de cette pandémie. »